新疆維吾爾自治區(qū)兒童醫(yī)院前身為新疆交通醫(yī)院，始建于1984年。自成立之初至今，歷經(jīng)新疆交通醫(yī)院（1984年至2005年）、自治區(qū)人民醫(yī)院北院（2006年至2017年）、自治區(qū)兒童醫(yī)院（2018年至今）三個階段。2016年，自治區(qū)黨委、政府決定：依托自治區(qū)人民醫(yī)院，在自治區(qū)人民醫(yī)院北院基礎上建設“新疆維吾爾自治區(qū)兒童醫(yī)院”。經(jīng)過幾年的轉(zhuǎn)型發(fā)展，自治區(qū)兒童醫(yī)院已成功轉(zhuǎn)型為一所集醫(yī)、教、研、預防保健等為一體的三級綜合兒童醫(yī)院。

自治區(qū)兒童醫(yī)院位于烏魯木齊市阿勒泰路393號，距離機場10公里，毗鄰烏魯木齊站，交通便利。占地面積2.66萬㎡，建筑面積5.84萬㎡。

醫(yī)院設有13個行政職能科室；19個臨床科室（其中外系科室13個、內(nèi)系科室6個），9個醫(yī)技科室，1個兒研所。醫(yī)院共有在職職工790人，其中醫(yī)生210人，護士361人，醫(yī)技44人。正高級職稱40人，副高級職稱75人，中級職稱185人，博士及碩士83人。

目前，醫(yī)院開放床位539張。2020年，診療17.37萬人次，出院患者1.17萬人次，手術(shù)3737例。2020年業(yè)務收入3.95億元，醫(yī)院總資產(chǎn)7.51億元，固定資產(chǎn)凈值4.44億元。

醫(yī)院擁有GE1.5T核磁共振、西門子 64排螺旋CT、GE16排螺旋CT、GE彩色多普勒診斷儀、日立生化分析儀、萊卡手術(shù)顯微鏡、費森尤斯床旁血液濾過機、奧林巴斯高清電子胃腸鏡、史賽克電子腹腔鏡等高端醫(yī)療設備，為高效、便捷、準確的診斷和治療提供了強有力的保障。