基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院是新疆醫(yī)科大學(xué)的二級教學(xué)單位，始建于1956年，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院幾代教師扎根邊疆、服務(wù)新疆醫(yī)學(xué)教育幾十載，為培養(yǎng)各級醫(yī)學(xué)專門人才做出了突出貢獻，成為新疆醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)科學(xué)研究的重要基地。

經(jīng)過六十多年的薪火相傳，學(xué)院在教育教學(xué)、科學(xué)研究、人才培養(yǎng)和社會服務(wù)等方面深度融合、全面發(fā)展，已建設(shè)成為一支擁有教職工208人（專任教師159名，教輔及管理人員49名）的教師隊伍，專任教師中具有副高級以上職稱73人，其中博導(dǎo)19人，碩導(dǎo)59人，具有博士學(xué)位72人，占比46%。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院擁有全疆唯一的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級博士學(xué)位授權(quán)點（2017年），并建設(shè)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級碩士學(xué)位授權(quán)點（2006年）、生物學(xué)一級碩士學(xué)位授權(quán)點（2021年），擁有二級碩士學(xué)位授權(quán)點8個（生理學(xué)、遺傳學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、人體解剖與組織胚胎學(xué)、免疫學(xué)、病原生物學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、法醫(yī)學(xué)）。同時，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科已建設(shè)成為自治區(qū)“十三五”重點學(xué)科-高原學(xué)科，二級學(xué)科中病原生物學(xué)為自治區(qū)重點學(xué)科，病原學(xué)、免疫學(xué)為校級重點學(xué)科，生物化學(xué)與分子生物學(xué)、人體解剖與組織胚胎學(xué)為校級支撐學(xué)科。