昆明醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)系成立于1996年，2004年更名為藥學(xué)院。云南省天然藥物藥理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室是云南省政府1992年批準(zhǔn)成立的第一批省級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2008年，云南省天然藥物藥理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室與藥學(xué)院合并，更名為藥學(xué)院暨云南省天然藥物藥理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2009年，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院化學(xué)教研室并入。

昆明醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院暨云南省天然藥物藥理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室是云南省藥物學(xué)高新技術(shù)創(chuàng)新人才培養(yǎng)基地、云南省卓越藥學(xué)人才教育培養(yǎng)基地、云南省高校轉(zhuǎn)型發(fā)展試點(diǎn)學(xué)院?，F(xiàn)為全國高等學(xué)校藥學(xué)類專業(yè)教學(xué)指導(dǎo)委員會委員單位及云南省主任委員單位、云南省藥理學(xué)會理事長單位、云南省藥學(xué)會常務(wù)副理事長單位、云南省執(zhí)業(yè)藥師協(xié)會常務(wù)理事單位。

藥學(xué)院是云南省藥物學(xué)高新技術(shù)創(chuàng)新人才培養(yǎng)基地、云南省卓越藥學(xué)人才教育培養(yǎng)基地。2018年獲藥學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)，建有省級博士后科研流動站。現(xiàn)有藥學(xué)、臨床藥學(xué)和藥物制劑3個本科專業(yè)。藥學(xué)專業(yè)是國家級特色專業(yè)，2016年通過國家專業(yè)認(rèn)證，2019年獲國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)；臨床藥學(xué)于2016年獲云南省品牌專業(yè)，2020年獲省級一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。藥物制劑專業(yè)為省級一流專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。藥學(xué)院本科生年招生規(guī)模為250人。近5年，培養(yǎng)碩士研究生384名、博士研究生39名。近3年，主持國家自科基金項(xiàng)目44項(xiàng)、國家社科基金項(xiàng)目1項(xiàng)以第一或通訊作者發(fā)表SCI論文180余篇；主編出版國家級規(guī)劃教材10部；獲授權(quán)專利40余件。

現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)學(xué)院于2023年由云南省教育廳批準(zhǔn)立項(xiàng)建設(shè)，昆明醫(yī)科大學(xué)牽頭，與云南白藥集團(tuán)股份有限公司、云南沃森生物技術(shù)股份有限公司、云南貝泰妮生物科技集團(tuán)股份有限公司、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所、中國科學(xué)院昆明植物研究所校企合作共建。聚焦生物技術(shù)藥（生物疫苗）、現(xiàn)代中藥、天然藥物健康產(chǎn)品三大重點(diǎn)領(lǐng)域和特色產(chǎn)業(yè)集群，依托藥學(xué)院現(xiàn)有的兩個國家級一流專業(yè)，設(shè)置三個共建專業(yè)點(diǎn)：藥學(xué)專業(yè)（天然藥物方向）、臨床藥學(xué)專業(yè)（生物制藥方向）、制藥工程專業(yè)，構(gòu)建三個層級人才培養(yǎng)模式：即：“2.5+1.5”本科人才培養(yǎng)模式、“4+3”卓越創(chuàng)新班人才培養(yǎng)模式、“4+2+3”本碩博一體化人才培養(yǎng)模式，培養(yǎng)生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)亟需的高素質(zhì)創(chuàng)新性、復(fù)合型、應(yīng)用型產(chǎn)業(yè)人才。現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)學(xué)院院長：昆明醫(yī)科大學(xué)校長夏雪山教授。

昆明醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院（現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)學(xué)院）現(xiàn)有教職工92人，具有博士學(xué)位51人、正高職25人、博導(dǎo)21人、碩導(dǎo)54人。獲國家級、省級人才稱號共21人。獲全國藥學(xué)高等學(xué)校青年教師教學(xué)能力大賽特等獎4人。擁有實(shí)踐教學(xué)基地30家，其中昆明醫(yī)科大學(xué)-云南白藥集團(tuán)股份有限公司實(shí)踐教學(xué)基地為國家級實(shí)踐教學(xué)基地。