廣州醫(yī)科大學于1985年開始招收培養(yǎng)研究生；2001年，經國務院學位委員會批準，廣州醫(yī)科大學成為廣東省首個擁有博士學位授予單位的市屬高校。學校歷年來十分重視研究生教育的培養(yǎng)和管理。1999年，學校成立研究生處；后為適應新形勢下研究生教育的發(fā)展，進一步提高研究生培養(yǎng)質量，研究生處先后更名為研究生部、研究生學院，并于2014年在學校研究生教育開展30周年之際，研究生學院正式更名為研究生院。

學校具備碩士研究生推免資格，現(xiàn)有的研究生教育涵蓋碩士生教育（含同等學力人員申請碩士學位）和博士生教育，擁有目前擁有一級學科博士授權點4個（臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、生物學）；一級學科碩士授權點9個（臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、中西醫(yī)結合、藥學、護理學、公共管理、生物醫(yī)學工程、生物學）；博士專業(yè)學位授權點1個（臨床醫(yī)學）；碩士專業(yè)學位授權點6個（臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生、藥學、護理、應用心理）。此外，學校擁有1個國家重點學科、7個省部級重點學科、33個市（廳）級重點學科；臨床醫(yī)學入選國家“雙一流”建設學科；8個學科（臨床醫(yī)學、藥理學與毒理學、分子生物學與遺傳學、生物學與生物化學、免疫學、神經科學與行為學、微生物學、精神病學與心理學）進入ESI排名全球前1%。，這一系列重點學科的建設都有力地推動了學校對研究生的教育和培養(yǎng)。

經過三十多年的發(fā)展，學校研究生教育形成了鮮明的辦學特色：（1）增強社會服務能力，開展產學研一體化培養(yǎng)模式。學校研究生教育秉承“厚德修身，博學致遠”的校訓，始終堅持立德樹人、理論與實踐相結合的培養(yǎng)原則，為社會培養(yǎng)了一批優(yōu)秀的醫(yī)學人才。（2）樹立以提高質量為核心的教育發(fā)展觀，大力推進研究生培養(yǎng)機制改革，注重培養(yǎng)凸顯責任擔當和業(yè)務精湛、具有較強創(chuàng)新精神和實踐能力、德智體美勞全面發(fā)展的社會主義建設者和接班人。近年來，在校研究生發(fā)表的高水平論文數量不斷提高，并在全國各類競賽和社會實踐活動中屢獲佳績。（3）重視對外學術和教育交流合作。目前，學校與國（境）內外高等院校和研究機構開展合作辦學和學術交流活動，每年都選派優(yōu)秀研究生出國學習和進行科研交流活動。此外，一批國外著名高校專家被學校聘為特聘教授、名譽教授或客座教授，不定期為研究生傳道授業(yè)，推動了學校研究生教育與國際接軌。