廣州醫(yī)科大學(xué)于1985年開始招收培養(yǎng)研究生；2001年，經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)，廣州醫(yī)科大學(xué)成為廣東省首個擁有博士學(xué)位授予單位的市屬高校。學(xué)校歷年來十分重視研究生教育的培養(yǎng)和管理。1999年，學(xué)校成立研究生處；后為適應(yīng)新形勢下研究生教育的發(fā)展，進一步提高研究生培養(yǎng)質(zhì)量，研究生處先后更名為研究生部、研究生學(xué)院，并于2014年在學(xué)校研究生教育開展30周年之際，研究生學(xué)院正式更名為研究生院。

學(xué)校具備碩士研究生推免資格，現(xiàn)有的研究生教育涵蓋碩士生教育（含同等學(xué)力人員申請碩士學(xué)位）和博士生教育，擁有目前擁有一級學(xué)科博士授權(quán)點4個（臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、生物學(xué)）；一級學(xué)科碩士授權(quán)點9個（臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)、護理學(xué)、公共管理、生物醫(yī)學(xué)工程、生物學(xué)）；博士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點1個（臨床醫(yī)學(xué)）；碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點6個（臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生、藥學(xué)、護理、應(yīng)用心理）。此外，學(xué)校擁有1個國家重點學(xué)科、7個省部級重點學(xué)科、33個市（廳）級重點學(xué)科；臨床醫(yī)學(xué)入選國家“雙一流”建設(shè)學(xué)科；8個學(xué)科（臨床醫(yī)學(xué)、藥理學(xué)與毒理學(xué)、分子生物學(xué)與遺傳學(xué)、生物學(xué)與生物化學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)與行為學(xué)、微生物學(xué)、精神病學(xué)與心理學(xué)）進入ESI排名全球前1%。，這一系列重點學(xué)科的建設(shè)都有力地推動了學(xué)校對研究生的教育和培養(yǎng)。

經(jīng)過三十多年的發(fā)展，學(xué)校研究生教育形成了鮮明的辦學(xué)特色：（1）增強社會服務(wù)能力，開展產(chǎn)學(xué)研一體化培養(yǎng)模式。學(xué)校研究生教育秉承“厚德修身，博學(xué)致遠”的校訓(xùn)，始終堅持立德樹人、理論與實踐相結(jié)合的培養(yǎng)原則，為社會培養(yǎng)了一批優(yōu)秀的醫(yī)學(xué)人才。（2）樹立以提高質(zhì)量為核心的教育發(fā)展觀，大力推進研究生培養(yǎng)機制改革，注重培養(yǎng)凸顯責(zé)任擔(dān)當(dāng)和業(yè)務(wù)精湛、具有較強創(chuàng)新精神和實踐能力、德智體美勞全面發(fā)展的社會主義建設(shè)者和接班人。近年來，在校研究生發(fā)表的高水平論文數(shù)量不斷提高，并在全國各類競賽和社會實踐活動中屢獲佳績。（3）重視對外學(xué)術(shù)和教育交流合作。目前，學(xué)校與國（境）內(nèi)外高等院校和研究機構(gòu)開展合作辦學(xué)和學(xué)術(shù)交流活動，每年都選派優(yōu)秀研究生出國學(xué)習(xí)和進行科研交流活動。此外，一批國外著名高校專家被學(xué)校聘為特聘教授、名譽教授或客座教授，不定期為研究生傳道授業(yè)，推動了學(xué)校研究生教育與國際接軌。