“九五”以來，以孔子儒學研究為特色的專門史是山東省強化建設的重點學科，孔子文化研究院先后被山東省確定為“儒學研究基地”（“十五”）、“儒學研究中心”（“十一五”）、“孔子與傳統(tǒng)文化研究中心”（“十二五”）、“山東省一流學科”（“十三五”）。一大批專門從事孔子儒家文化、中國儒學史、孔子儒家文獻、儒家文物古跡、孔子文化傳播研究及服務社會的專家匯聚于此，形成了一只由海內外知名學者組成的實力雄厚、優(yōu)勢集成、機構合理的專兼職隊伍。目前，我院專職研究人員32人，其中教授16人（博士生導師7人），副教授7人（碩士生導師7人），講師9人（碩士生導師7人），校內外兼職人員50余人，其中山東省突出貢獻專家1人，山東省高端智庫人才1人，泰山學者青年專家2人。

我院設有以孔子儒學及儒家文獻為研究方向的博士點、博士后流動站，招收中國史、孔子儒學及儒家文獻、儒家文化等方向的博士、碩士生。

六十余年來，我院取得了豐碩的成果，在各類學術期刊發(fā)表論文兩千余篇，出版孔子儒學專著四百余部。2013年傅永聚教授“歷代孔子檔案文獻集成與研究及全文數據庫建設”獲批國家社科基金重大招標項目，充分彰顯了孔子文化研究院矢志為國弘文、傳承弘揚中華優(yōu)秀傳統(tǒng)文化的擔當與作為。李炳海教授“古絲綢之路文獻的名物研究”、劉彬教授“易圖集成與研究暨數據庫建設”獲批國家社科基金冷門絕學項目，立項數位列全省高校首位。儒學研究成果獲省部級獎勵10余項，其中劉彬教授《帛書<易傳>新釋暨孔子易學思想研究》獲山東省第三十二次哲學社會科學優(yōu)秀成果一等獎，楊樹增等《儒學與中國古代散文》獲山東省高校優(yōu)秀科研成果一等獎，傅永聚等《四書五經普及讀本》獲山東省第五屆社會科學普及與應用優(yōu)秀作品獎。至今，我院承擔國家重大招標、國家社科基金等各類科研課題二百余項,在國內外產生了廣泛深遠的影響。

我院藏書共計25萬余冊，其中線裝古籍2萬余冊，藏有《四庫全書》《四部叢刊》《叢書集成初編》《四部備要》等大型叢書，訂有報刊雜志180余種，珍貴歷史文物200余件，中外文數據庫20多個，另有大量的多媒體文獻。

我院多次舉辦國內外儒學學術會議，廣泛進行交流，與數十個國家和地區(qū)的專家學者建立了學術聯(lián)系。

1956年12月，在曲阜師范大學首任校長、新儒家傳人高贊非領導下成立了孔子研究會，1979年1月24日更名為孔子研究室；經山東省人民政府批準，1983年2月8日更名為孔子研究所，后更名為孔子文化研究院。