井岡山大學醫(yī)學部下設基礎醫(yī)學院、臨床醫(yī)學院、護理學院、中醫(yī)藥學院4個學院。有臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、中醫(yī)學、預防醫(yī)學、藥學、護理學、康復治療學7個本科專業(yè)。2016年臨床醫(yī)學專業(yè)和中醫(yī)學專業(yè)均通過了教育部專業(yè)認證，臨床醫(yī)學專業(yè)認證延長至2025年。中醫(yī)學專業(yè)、護理學專業(yè)為江西省一流本科建設專業(yè)，中醫(yī)學、預防醫(yī)學專業(yè)為江西省四星級專業(yè)。臨床醫(yī)學、藥學及護理學被學校評為核心專業(yè)。學部與同濟大學、廈門大學及溫州醫(yī)科大學簽訂了聯(lián)合培養(yǎng)本科生協(xié)議，臨床醫(yī)學、護理學、藥學及康復治療學專業(yè)優(yōu)秀學生可選拔到同濟大學、廈門大學、溫州醫(yī)科大學進行聯(lián)合培養(yǎng)。

學部現(xiàn)有專任教師120人，其中教授13人、副教授36人，具有博士學位教師25人（另有在讀博士生3人）。專任教師中江西省先進工作者1人、江西省“新世紀百千萬人才工程人選”1人、江西省教學名師1人、“江西省青年科學家（井岡之星）”培養(yǎng)對象教師1人、江西省高校中青年骨干教師7人、省模范教師1人、省級金牌教授1人、省衛(wèi)生系統(tǒng)學術和技術帶頭培養(yǎng)對象9人、校級學術帶頭人3人、碩士研究生導師21人。

學部擁有國家醫(yī)師執(zhí)業(yè)資格考試（臨床類別）實踐技能考試基地、工信部“專精特新”產(chǎn)業(yè)學院、中國循證醫(yī)學教育部網(wǎng)上合作研究中心井岡山大學分中心、吉安市醫(yī)藥生物技術重點實驗室、井岡山大學臨床醫(yī)學研究中心、井岡山大學實驗動物中心、吉安市醫(yī)療糾紛爭議尸驗中心、井岡山大學神經(jīng)退行性疾病與衰老研究中心等教學科研機構。設有生命科學館、基礎醫(yī)學實驗中心、臨床技能中心、藥學綜合實驗室、預防醫(yī)學綜合實驗室、基礎護理綜合實驗室、康復治療學綜合實驗室、形態(tài)學虛擬仿真實驗室和中草藥植物園等教學平臺。有直屬附屬醫(yī)院1所，非直屬附屬醫(yī)院5所。

學部有申碩建設學科1個（公共衛(wèi)生），申碩培育學科2個（臨床醫(yī)學和護理學），申碩支撐學科2個（中醫(yī)學和藥學）。近年來, 獲批國家級卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目3個（臨床醫(yī)學和中醫(yī)學），國家級大學生校外實踐教育基地建設項目1個，省級教學團隊1個，省級精品資源共享課程及省級雙語教學示范課程各1門，省級一流課程4門。獲江西省教學成果獎二等獎1項，江西省科學技術獎三等獎1項。

學部扎實推進教育教學改革和人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新，強化臨床實踐環(huán)節(jié)，不斷提高人才培養(yǎng)質量。近年來，臨床醫(yī)學、中醫(yī)學、口腔醫(yī)學等專業(yè)畢業(yè)生國家執(zhí)業(yè)醫(yī)師考試通過率分別高出全國平均水平8.10%、11.81%和8.90%。在校學生獲批國家級大學生創(chuàng)新實驗項目26項，省級大學生創(chuàng)新實驗項目13項，校級大學生創(chuàng)新實驗項目89項；獲得“挑戰(zhàn)杯”國賽三等獎2項，省賽一等獎1項、二等獎5項、三等獎7項，校賽一等獎4項、二等獎2項和三等獎1項，優(yōu)秀獎2項；全國大學生基礎醫(yī)學創(chuàng)新研究三等獎4項，在校生發(fā)表論文45篇，其中本科生作為第一作者發(fā)表論文20篇，SCI收錄論文7篇，CSCD期刊論文7篇，北大核心期刊論文2篇，參與編寫專著2部，2篇論文被評為校十佳論文。臨床醫(yī)學、護理學、預防醫(yī)學畢業(yè)生參加全國高等醫(yī)學院校臨床技能大賽（華東區(qū)）每屆均獲團體三等獎。近5年畢業(yè)生平均就業(yè)率均高于全省平均水平，畢業(yè)生研究生平均錄取率在21%左右。