中醫(yī)學(xué)在1958年福建中醫(yī)學(xué)院創(chuàng)建之時(shí)，便是我校的主干學(xué)科與專業(yè)，中醫(yī)學(xué)專業(yè)是國家級特色專業(yè)。1984年5月成立中醫(yī)醫(yī)療系，1988年9月更名為中醫(yī)系。2010年3月福建中醫(yī)學(xué)院更名為福建中醫(yī)藥大學(xué)，中醫(yī)系隨之更名為中醫(yī)學(xué)院。2017年5月骨傷學(xué)院教師并入中醫(yī)學(xué)院，成立中醫(yī)骨傷科學(xué)教研室。

學(xué)院現(xiàn)有中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)、中醫(yī)骨傷科學(xué)、中醫(yī)健康管理6個學(xué)科，下設(shè)11個教研室。擁有中醫(yī)學(xué)一級學(xué)科碩士和博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)、1個博士后流動站。有五年制中醫(yī)學(xué)、中醫(yī)學(xué)（5+3一體化）和中醫(yī)骨傷科學(xué)3個本科專業(yè)。2008年中醫(yī)學(xué)專業(yè)獲國家級特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)、中醫(yī)學(xué)（經(jīng)典班）獲省級特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)；2010年中醫(yī)學(xué)專業(yè)順利通過專業(yè)認(rèn)證；2019年中醫(yī)學(xué)專業(yè)獲國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。目前在校本科生及國內(nèi)外研究生3000余人。

學(xué)院現(xiàn)有教職員工123人，高級職稱50余人，具有博士學(xué)位近60人，博士生導(dǎo)師17人，碩士生導(dǎo)師30余人；學(xué)院擁有一批海內(nèi)外享有盛名的老專家老教授和國內(nèi)知名的中青年專家學(xué)者、國醫(yī)大師、全國名中醫(yī)、國家中醫(yī)藥傳承與創(chuàng)新“百千萬”人才工程（岐黃工程）岐黃學(xué)者、 “百千萬”人才工程國家級人選、國家和衛(wèi)生部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家、全國黃大年式教學(xué)團(tuán)隊(duì)、全國師德先進(jìn)、全國中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師、全國第二批黨建工作樣板黨支部等。

學(xué)院擁有1個國家級專業(yè)綜合改革試點(diǎn)、2項(xiàng)國家級卓越醫(yī)生（中醫(yī)）教育培養(yǎng)計(jì)劃改革試點(diǎn)項(xiàng)目、1個國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、1門國家級線上一流課程、2門國家級虛擬仿真實(shí)驗(yàn)一流課程、2門國家級精品課程、2門國家級精品資源共享課、2門國家級線上線下混合式一流課程、1個國家級課程思政示范課程項(xiàng)目、1個國家級教學(xué)團(tuán)隊(duì)、1門國家級精品視頻公開課、1門全國首部網(wǎng)絡(luò)中醫(yī)疫病公開課。

學(xué)院擁有7個國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，2個國家中醫(yī)藥管理局高水平中醫(yī)藥重點(diǎn)學(xué)科，中醫(yī)學(xué)學(xué)科入選福建省第二輪“雙一流”建設(shè)主干學(xué)科，依托“中醫(yī)骨傷及運(yùn)動康復(fù)”教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中醫(yī)藥管理局中醫(yī)健康狀態(tài)辨識重點(diǎn)研究室、骨重建生物力學(xué)三級實(shí)驗(yàn)室、福建省2011中醫(yī)健康管理協(xié)同創(chuàng)新平臺等，近5年共承擔(dān)各類課題100余項(xiàng)，其中國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“中醫(yī)藥現(xiàn)代化”重點(diǎn)專項(xiàng)1項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目和海峽聯(lián)合基金重點(diǎn)項(xiàng)目各1項(xiàng)、國家自然科學(xué)基金15項(xiàng)，國家社會科學(xué)基金2項(xiàng)；發(fā)表學(xué)術(shù)論文486篇，其中一級學(xué)會核心期刊論文145篇，SCI收錄論文32篇；獲各級科學(xué)技術(shù)成果獎26項(xiàng)；主編“十二五”“十三五”“十四五”規(guī)劃教材11部。中醫(yī)骨傷科學(xué)學(xué)科總結(jié)林如高老中醫(yī)臨床經(jīng)驗(yàn)，發(fā)掘福建中醫(yī)骨傷學(xué)術(shù)精髓，形成南少林骨傷流派，“南少林理筋整脊療法”獲批進(jìn)入國務(wù)院第五批國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性項(xiàng)目名錄。

在新的發(fā)展階段，學(xué)院以習(xí)近平新時(shí)代中國特色社會主義思想為指導(dǎo)，秉承“大醫(yī)精誠，止于至善”的校訓(xùn)和“仁和精誠，傳業(yè)含弘”的院訓(xùn)，提出“博學(xué)人文，強(qiáng)化經(jīng)典，拓展基礎(chǔ)，提升技能”的中醫(yī)學(xué)專業(yè)辦學(xué)思路，形成以講“中醫(yī)經(jīng)典”為主的教學(xué)特色和具有中醫(yī)傳承特色的 “修園班”“國醫(yī)傳承班”等人才培養(yǎng)模式。學(xué)院重視學(xué)生臨床操作技能培養(yǎng)，定期舉辦中醫(yī)知識、技能大賽，組織開展志愿者醫(yī)療服務(wù)、大學(xué)生暑期科技衛(wèi)生“三下鄉(xiāng)”等社會實(shí)踐活動，豐富校園文化生活，展示中醫(yī)學(xué)子風(fēng)采，深受社會好評。近5年，學(xué)院立足全國大學(xué)生英語競賽、“挑戰(zhàn)杯”“互聯(lián)網(wǎng)+”等各類學(xué)科競賽和創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)競賽平臺，以賽促學(xué)，共獲得國家級獎項(xiàng)32個，省級獎項(xiàng)25個，在提高學(xué)生學(xué)習(xí)積極性的同時(shí)，不斷優(yōu)化學(xué)院學(xué)生工作體系，提升中醫(yī)專業(yè)的教育質(zhì)量。