山東大學基礎醫(yī)學院歷史悠久，發(fā)端于中國近代西醫(yī)教育源頭之一的齊魯大學醫(yī)科。在山東大學基礎醫(yī)學院的歷史上，江清、侯寶璋、張匯泉、李瓚文等一批蜚聲海內外的醫(yī)學大家為現(xiàn)代醫(yī)學植根中國做出了卓越貢獻。新中國成立后一批我國基礎醫(yī)學學科的創(chuàng)始人和開拓者如周廷沖、黃翠芬、沈霽春等為本學科的發(fā)展奠定了堅實基礎，在我國醫(yī)學教育發(fā)展史上具有重要地位。

歷經(jīng)百年發(fā)展，現(xiàn)有15個學系（中心），在職職工306人，離退休職工139人；現(xiàn)有各類全日制學生2207人，其中本科生1329人，研究生667人，留學生243人。教師隊伍中，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授2人，國家杰出青年基金獲得者8人，國家“特支計劃”科技創(chuàng)新領軍人才2人、教學名師1人，新世紀百千萬人才工程國家級人選2人，國家級四青人才8人，山東省“泰山學者”、教育部新世紀優(yōu)秀人才支持計劃等省部級人才30余人。

基礎醫(yī)學院堅持以學科建設為基礎，積極推進基礎醫(yī)學教育發(fā)展，努力創(chuàng)建世界一流學科。學院建有人體解剖與組織胚胎學1個國家級重點學科；人體解剖與組織胚胎學、免疫學、病原生物學、病理學與病理生理學、遺傳學、藥理學等6個省級重點學科；實驗畸形學教育部重點實驗室、精神疾病基礎與臨床山東省重點實驗室、感染與免疫學山東省重點實驗室3個省部級重點實驗室；現(xiàn)有基礎醫(yī)學、生物學2個博士后科研流動站，基礎醫(yī)學、生物學2個一級學科博士學位授權點，14個二級學科博士學位授權點。神經(jīng)科學與行為學、生物學與生物化學、免疫學、分子生物學與遺傳學等4個學科進入ESI前1%，藥理學與毒理學進入ESI前1%;。2020年基礎醫(yī)學學科入選山東省“高峰學科”建設學科，2021年入選山東省基礎科學研究中心（基礎醫(yī)學），學科發(fā)展位居全國前列。

學院擁有“醫(yī)學基礎實驗教學示范中心”和“醫(yī)學虛擬仿真實驗教學中心”兩個國家級實驗教學平臺，“人體解剖與組織胚胎學”和“基礎醫(yī)學實驗課程”兩個國家級教學團隊。學院注重教材建設，已搭建成具有較強學術影響力和社會輻射力的教材建設平臺，2013年以來學院教師參與國家各級各類出版社教材編寫累計達一百余部，其中作為第一主編編寫出版的普通高等教育本科國家規(guī)劃教材21部。2021年學院獲評首屆“全國教材建設先進集體”，2部教材獲全國優(yōu)秀教材二等獎。學院教育教學改革取得良好成效，獲得國家級教學成果二等獎2項，省級教學成果獎7項，擁有國家級一流課程和示范課程累計23門，國家級金課數(shù)量位居全國醫(yī)學類院校首位。近五年學院教師共指導本科生獲得各類創(chuàng)新項目四百余項，其中國家級課題55項，省級課題11項。2019年設立的生物醫(yī)學科學專業(yè)獲批教育部“強基計劃”和山東省一流本科專業(yè)建設點。專業(yè)按照“嚴入口、小規(guī)模、重特色、高水平”的原則培養(yǎng)“國內頂尖、國際一流”的基礎醫(yī)學復合型拔尖創(chuàng)新人才。2023年學院獲批“山東省普通高等學?；A學科拔尖學生培養(yǎng)基地”。

基礎醫(yī)學院不斷推進科研管理體制機制改革，打破學系限制，建立了23個科研團隊和6個柔性科研大團隊。圍繞重大疾病發(fā)生機制和干預策略研究，已經(jīng)形成腫瘤學、神經(jīng)科學、免疫微環(huán)境與疾病、代謝性疾病、遺傳性疾病5個研究中心。近五年來，科研項目結構逐步優(yōu)化，承擔國家級科研項目179項，省部級科研項目159項，其中國家級重大重點及人才類項目22項，省部級重點及人才類項目29項；科研經(jīng)費逐年遞增，總合同經(jīng)費超2.85億元；學術論文的數(shù)量和質量穩(wěn)步提升，學術影響力持續(xù)增強，在包括Nature、Cell、Science、Cell Metabolism、Nature Immunology、Immunity、Nature Chemical Biology、Nature Metabolism、Journal of Clinical Investigation、The Journal of Experimental Medicine、PNAS等國際期刊發(fā)表SCI論文730余篇，其中中科院一區(qū)論文242篇；獲得國家科技進步二等獎、省部級科技獎、中華醫(yī)學獎等科研獎勵成果5項；授權專利81項，成果轉化項目簽約合同額1000余萬元。目前已形成具有國際先進水平的基礎醫(yī)學學科群，取得了一批國際一流水平的創(chuàng)新性科研成果。孫金鵬教授入選“新基石研究員項目”，榮獲第三屆全國創(chuàng)新爭先獎。

學院重視國際合作，以國際化戰(zhàn)略促進學科的發(fā)展。初步建立國際合作網(wǎng)絡，已與5個國家的9所知名高校的基礎醫(yī)學學科建立了友好合作關系；擁有一批具有國際視野和國際交流能力的師資，專任教師中80%以上擁有國外教育和工作經(jīng)歷，通過國際科研合作項目、學術論壇和各類引智項目學術交流平臺，不斷加深國際學術合作。學院加強國際化人才培養(yǎng)，鼓勵學生出國研修并獲得國際學分；不斷加強國際化課程建設，開設29門全英文課程，其中4門國家級國際化示范課程，16門全英文慕課課程已上線中國大學慕課國際課程平臺，居于全國前列。

學院注重加強黨建和思想政治工作，充分彰顯黨的領導最大優(yōu)勢。自2016年學院恢復重建以來，學院黨委連續(xù)多年在學校黨委組織的“黨組織書記履行全面從嚴治黨責任和抓基層黨建述職評議”中被評為“好”，在學?！爸袑宇I導班子年度考核”中被評為“優(yōu)秀”。2021年免疫學教師團隊獲學校“黃大年式教師團隊”榮譽稱號，藥理學系黨支部入選學校 “雙帶頭人”教師黨支部工作室培育創(chuàng)建單位，生物化學與分子生物學系榮獲2023年度山東大學先進集體。1名黨員被評為“全國三八紅旗手”，2名黨員被評為“山東教育系統(tǒng)優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”， 7名黨員獲“山東大學優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”榮譽稱號，2名黨員獲“山東大學優(yōu)秀黨務工作者”榮譽稱號。近幾年，學院獲評校級“先進基層黨組織”“ 新聞宣傳先進單位”“研究生思想政治教育管理工作先進單位”“學生工作先進單位”“先進基層工會”等榮譽稱號。