安徽農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院前身為安徽農(nóng)學院畜牧獸醫(yī)專業(yè)，1959年建立畜牧獸醫(yī)系，1994年改名為畜牧水產(chǎn)學院獸醫(yī)系，2004年更名為動物科技學院動物醫(yī)學系，2024年7月成立動物醫(yī)學院。

學院設有基礎獸醫(yī)學系、預防獸醫(yī)學系、臨床獸醫(yī)學系和實驗教學中心4個教學單位?，F(xiàn)有專任教師53人，其中教授15人、副教授17人，博士生導師10人，碩士生導師41人，具有博士學位教師39人，具有海外留學經(jīng)歷教師10人，教育部高等學校動物醫(yī)學類教學指導委員會委員1人，“知名專家”1人，安徽省學術與技術帶頭人1人，安徽省學術與技術帶頭人后備人選3人，安徽省“優(yōu)青”2人，安徽省教學名師3人，安徽省產(chǎn)業(yè)體系副首席、崗位專家及試驗站站長10人，合肥市農(nóng)業(yè)行業(yè)首席專家2人，合肥市鄉(xiāng)村振興科技幫扶團2個，安徽農(nóng)業(yè)大學產(chǎn)業(yè)聯(lián)盟首席專家2人，安徽農(nóng)業(yè)大學“神農(nóng)新秀”3人。

學院1997年獲預防獸醫(yī)學碩士點，1999年獲基礎獸醫(yī)學碩士點，2001年獲臨床獸醫(yī)學碩士點，2004年獲獸醫(yī)碩士（非）全日制專業(yè)學位點，2005年獲獸醫(yī)學一級學科碩士點，2007年獲批國家級特色專業(yè)，2013年獲批安徽省“地方性高水平大學建設”重點專業(yè)，2015年設動物性食品安全碩士點，2016年設動物病原生物學博士學位授權點，2021年獲批國家一流本科專業(yè)（動物醫(yī)學）建設點?，F(xiàn)有在校本科生580人，碩士生320人，博士生10人。

學院擁有預防獸醫(yī)學、動物性食品安全、動物生理學、動物解剖與組織胚胎學等省級教學團隊4個，動物病原生物學省級創(chuàng)新團隊1個，安徽省動物性食品質(zhì)量安全控制115產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團隊1個，安徽農(nóng)業(yè)大學動物性食品安全創(chuàng)新團隊1個，國家精品資源課程1門，國家級一流課程2門，省一流課程3門，現(xiàn)有獸醫(yī)病理生物學與疫病防控安徽省重點實驗室、安徽省動物性食品質(zhì)量與生物安全工程實驗室和安徽省人獸共患病重點實驗室（與安醫(yī)大合建）等3個省部級科研平臺，同時具有設備齊全的安徽農(nóng)業(yè)大學教學動物醫(yī)院，動物醫(yī)學虛擬仿真實驗室等實踐教學平臺，儀器設備總值4400余萬元，與安徽省動物疫病預防與控制中心共享P2、P3實驗室。

立足安徽，面向長三角，圍繞區(qū)域性畜禽高效安全養(yǎng)殖和疫病防控的戰(zhàn)略需求，堅持“產(chǎn)、學、研”協(xié)同創(chuàng)新，設置獸醫(yī)病理生物學特色方向。在鴨坦布蘇病毒、新型冠狀病毒、豬鏈球菌、豬胸膜肺炎放線桿菌等病原防控及類病毒顆粒疫苗等新型疫苗研發(fā)方面，沙門氏菌耐藥機制、獸用抗生素替代、免疫去勢、獸藥殘留方面，畜禽生殖調(diào)控、霉菌毒素中毒與防控、牛羊圍產(chǎn)期疾病干預、中獸藥創(chuàng)制及小動物臨床診療方面，禽致病性大腸桿菌、畜禽病毒病等病原致病及其與感染宿主互作機制研究方面等形成特色和優(yōu)勢。

近5年來，學院主持國家自然科學基金項目20余項，國家重點研發(fā)計劃項目子課題6項，國家重點研發(fā)計劃青年科學家項目1項，安徽省自然科學基金優(yōu)青項目2項，高校協(xié)同創(chuàng)新項目2項，其他省部級科研項目60多項，橫向課題100多項，獲省部級科技進步獎5項，全國農(nóng)牧漁業(yè)豐收獎3項，發(fā)表SCI論文150多篇，授權國家發(fā)明專利20多項，制定農(nóng)業(yè)農(nóng)村部行業(yè)標準1項，安徽省地方標準10多項。