上海中醫(yī)藥大學(xué)交叉科學(xué)研究院于2016年成立。研究院建立伊始就致力于中醫(yī)藥學(xué)與生命醫(yī)學(xué)相關(guān)學(xué)科的交叉融合，旨在通過發(fā)揮多學(xué)科交叉和人才聚集優(yōu)勢(shì)，打造面向國(guó)際、國(guó)內(nèi)一流的中醫(yī)藥多學(xué)科交叉和生物醫(yī)學(xué)前沿的系列研究平臺(tái)。研究院圍繞國(guó)家重大需求和國(guó)際生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域前沿問題，立足中醫(yī)藥現(xiàn)代化與國(guó)際化的關(guān)鍵難題，加強(qiáng)中醫(yī)藥自主創(chuàng)新與國(guó)際合作，促進(jìn)中醫(yī)藥學(xué)與生命醫(yī)學(xué)相關(guān)學(xué)科的交叉融合，加快中醫(yī)藥基礎(chǔ)研究向臨床研究的轉(zhuǎn)化和應(yīng)用，為我國(guó)日益增長(zhǎng)的全民健康服務(wù)需求做出重要貢獻(xiàn)。

研究院成立至今，先后從海內(nèi)外引進(jìn)了多個(gè)具有國(guó)際水準(zhǔn)的高水平研究團(tuán)隊(duì)，并形成了中醫(yī)藥表型組學(xué)、中藥化學(xué)生物學(xué)、中藥系統(tǒng)藥理學(xué)、系統(tǒng)藥代動(dòng)力學(xué)、定量藥理學(xué)、中醫(yī)方證基礎(chǔ)六大前沿研究中心。目前擁有專職科研人員60余人，其中正高級(jí)專任教師20人，客座教授及外籍教授6人。其中國(guó)家杰青、國(guó)家優(yōu)青、岐黃學(xué)者、上海市優(yōu)秀學(xué)科帶頭人、上海市千人等國(guó)家和省部級(jí)人才10余人。研究方向涵蓋了中藥化學(xué)、中藥藥理、化學(xué)生物學(xué)、藥物分析、藥代動(dòng)力學(xué)、中藥制劑、中醫(yī)藥表型組學(xué)、中醫(yī)方證基礎(chǔ)及中醫(yī)藥大數(shù)據(jù)等多個(gè)領(lǐng)域。

近五年來，研究院先后承擔(dān)科技部國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、重大新藥創(chuàng)制重大專項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金及上海市各類科研項(xiàng)目200余項(xiàng)；研究院還積極推動(dòng)科研成果的產(chǎn)業(yè)化和社會(huì)服務(wù)，先后與上藥集團(tuán)、康緣藥業(yè)、東阿阿膠等知名企業(yè)簽訂橫向合作課題80余項(xiàng)，并與黑龍江珍寶島藥業(yè)等公司合作設(shè)立了人才培養(yǎng)和產(chǎn)學(xué)研合作專項(xiàng)基金，橫縱向科研經(jīng)費(fèi)累計(jì)超3億元。先后在Cell Metabolism、Gut、Nature Chemical Biology、ACS Nano等國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)刊物發(fā)表SCI收錄論文700余篇。多人榮獲國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)、國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)、上海市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)、上海市藥學(xué)科技獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)等榮譽(yù)。2020年，中醫(yī)藥多學(xué)科交叉創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)還入選了首批國(guó)家中醫(yī)藥多學(xué)科交叉創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。研究院多人入選全球前2%頂尖科學(xué)家榜及中國(guó)高被引學(xué)者榜單，多人應(yīng)邀擔(dān)任多個(gè)國(guó)際知名學(xué)術(shù)刊物編委、國(guó)家級(jí)二級(jí)學(xué)會(huì)主委、副主委以及國(guó)家自然科學(xué)基金會(huì)評(píng)專家、國(guó)家藥品審評(píng)專家等學(xué)術(shù)職務(wù)。

目前研究院擁有開展中藥化學(xué)、藥物化學(xué)、藥物動(dòng)力學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)、分子藥理學(xué)以及生物信息學(xué)研究所需的各類硬件設(shè)備，包括Q Exactive?HF-X 組合型四極桿Orbitrap?質(zhì)譜儀、超高分辨率活細(xì)胞成像系統(tǒng)、Operetta CLS 高內(nèi)涵細(xì)胞成像分析系統(tǒng)、高分辨飛行時(shí)間蛋白組液質(zhì)聯(lián)用儀（Triple-TOF 5600）、串聯(lián)三重四極桿質(zhì)譜聯(lián)用儀（Triple-QUAD 4500）、微量熱泳動(dòng)儀、細(xì)胞能量代謝分析系統(tǒng)、多功能細(xì)胞定量分析儀、電感耦合等離子質(zhì)譜儀、紫外引導(dǎo)自動(dòng)純化制備液相色譜系、超速離心機(jī)、倒置熒光顯微鏡、全自動(dòng)熒光酶標(biāo)儀、高效液相色譜儀等大型儀器。