上海中醫(yī)藥大學交叉科學研究院于2016年成立。研究院建立伊始就致力于中醫(yī)藥學與生命醫(yī)學相關學科的交叉融合，旨在通過發(fā)揮多學科交叉和人才聚集優(yōu)勢，打造面向國際、國內一流的中醫(yī)藥多學科交叉和生物醫(yī)學前沿的系列研究平臺。研究院圍繞國家重大需求和國際生命醫(yī)學領域前沿問題，立足中醫(yī)藥現代化與國際化的關鍵難題，加強中醫(yī)藥自主創(chuàng)新與國際合作，促進中醫(yī)藥學與生命醫(yī)學相關學科的交叉融合，加快中醫(yī)藥基礎研究向臨床研究的轉化和應用，為我國日益增長的全民健康服務需求做出重要貢獻。

研究院成立至今，先后從海內外引進了多個具有國際水準的高水平研究團隊，并形成了中醫(yī)藥表型組學、中藥化學生物學、中藥系統藥理學、系統藥代動力學、定量藥理學、中醫(yī)方證基礎六大前沿研究中心。目前擁有專職科研人員60余人，其中正高級專任教師20人，客座教授及外籍教授6人。其中國家杰青、國家優(yōu)青、岐黃學者、上海市優(yōu)秀學科帶頭人、上海市千人等國家和省部級人才10余人。研究方向涵蓋了中藥化學、中藥藥理、化學生物學、藥物分析、藥代動力學、中藥制劑、中醫(yī)藥表型組學、中醫(yī)方證基礎及中醫(yī)藥大數據等多個領域。

近五年來，研究院先后承擔科技部國家重點研發(fā)計劃、重大新藥創(chuàng)制重大專項、國家自然科學基金及上海市各類科研項目200余項；研究院還積極推動科研成果的產業(yè)化和社會服務，先后與上藥集團、康緣藥業(yè)、東阿阿膠等知名企業(yè)簽訂橫向合作課題80余項，并與黑龍江珍寶島藥業(yè)等公司合作設立了人才培養(yǎng)和產學研合作專項基金，橫縱向科研經費累計超3億元。先后在Cell Metabolism、Gut、Nature Chemical Biology、ACS Nano等國內外學術刊物發(fā)表SCI收錄論文700余篇。多人榮獲國家科技進步一等獎、國家科技進步二等獎、上海市科技進步一等獎、上海市藥學科技獎一等獎等榮譽。2020年，中醫(yī)藥多學科交叉創(chuàng)新團隊還入選了首批國家中醫(yī)藥多學科交叉創(chuàng)新團隊。研究院多人入選全球前2%頂尖科學家榜及中國高被引學者榜單，多人應邀擔任多個國際知名學術刊物編委、國家級二級學會主委、副主委以及國家自然科學基金會評專家、國家藥品審評專家等學術職務。

目前研究院擁有開展中藥化學、藥物化學、藥物動力學、系統生物學、分子藥理學以及生物信息學研究所需的各類硬件設備，包括Q Exactive?HF-X 組合型四極桿Orbitrap?質譜儀、超高分辨率活細胞成像系統、Operetta CLS 高內涵細胞成像分析系統、高分辨飛行時間蛋白組液質聯用儀（Triple-TOF 5600）、串聯三重四極桿質譜聯用儀（Triple-QUAD 4500）、微量熱泳動儀、細胞能量代謝分析系統、多功能細胞定量分析儀、電感耦合等離子質譜儀、紫外引導自動純化制備液相色譜系、超速離心機、倒置熒光顯微鏡、全自動熒光酶標儀、高效液相色譜儀等大型儀器。