華東師范大學(xué)河口海岸科學(xué)研究院成立于1957年，前身為華東師范大學(xué)河口研究室。1957年，在中國科學(xué)院的大力支持下，華東師范大學(xué)創(chuàng)立了我國第一個(gè)專門從事河口研究的機(jī)構(gòu)——河口研究室，陳吉余出任研究室主任。1959年，在原河口研究室的基礎(chǔ)上，成立了中科院上海地質(zhì)地理研究所。該研究所由華東師范大學(xué)與中科院上海分院雙重領(lǐng)導(dǎo)，下設(shè)地貌研究室和地質(zhì)研究室，李春芬兼任所長，陳吉余和竹淑貞任副所長，并分別兼任地貌和地質(zhì)研究室主任。1962年根據(jù)中央關(guān)于“調(diào)整、鞏固、充實(shí)、提高”的八字方針，撤銷中國科學(xué)院上海地質(zhì)地理研究所的建制，改為華東師范大學(xué)河口海岸研究室，該室列為高教部直屬18個(gè)重點(diǎn)研究所（室）之一。1978年，經(jīng)高教部批準(zhǔn)，河口海岸研究室擴(kuò)建為華東師范大學(xué)河口海岸研究所，并成立河口、海岸、沉積、遙感4個(gè)研究室，有陳吉余任所長，竹淑貞任副所長。2005年，河口海岸研究所發(fā)展成為“河口海岸科學(xué)研究院”，丁平興教授兼任院長，陳吉余任名譽(yù)院長。

50年來，經(jīng)過河口海岸幾代人研究、探索、積累、傳承取得一批有重要影響的創(chuàng)新研究成果。主要體現(xiàn)在：海岸帶調(diào)查系列成果、長江河口過程與發(fā)育模式及其工程實(shí)踐、鹽水入侵和水資源利用、海岸演變與工程應(yīng)用、濱海濕地生態(tài)研究、生物地區(qū)化學(xué)與生態(tài)系統(tǒng)整合研究等六個(gè)方面。研究院科研成果獲省部級(jí)以上獎(jiǎng)勵(lì)70多項(xiàng)，其中我院作為主要參與單位之一的“中國海岸帶和海涂資源綜合調(diào)查”獲國家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)；作為第一完成單位或省部級(jí)科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)4項(xiàng)等。

研究院現(xiàn)在擁有自然地理學(xué)、河口海岸學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)、海洋地質(zhì)學(xué)、物理海洋學(xué)、海洋化學(xué)、生態(tài)學(xué)、環(huán)境科學(xué)以及港口、海岸及近海工程9個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，自然地理學(xué)、河口海岸學(xué)、生態(tài)學(xué)和環(huán)境科學(xué)等4個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)。用于地理學(xué)、生態(tài)學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)4個(gè)博士后流動(dòng)站。其中，地理學(xué)既是國家理科基礎(chǔ)科學(xué)研究人才培養(yǎng)基地，又是上海高校一流學(xué)科（A類）。自然地理學(xué)和生態(tài)學(xué)被教育部列為國家重點(diǎn)學(xué)科。

近年來，學(xué)院加快學(xué)科和師資隊(duì)伍建設(shè)步伐，從國內(nèi)外引進(jìn)人才，現(xiàn)有在職教師83人，含研究人員56人（教授27人，副教授15人，講師14人，其中56人具有博士學(xué)位），技術(shù)人員12人，管理人員3人，科輔、教輔人員12人。在科技隊(duì)伍中，現(xiàn)有中國工程院院士1人，中國科學(xué)院院士1人，長江學(xué)者特聘教授2人，國家杰出青年基金獲得者2人，以及教育部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家、教育部跨世紀(jì)優(yōu)秀人才、上海市優(yōu)秀學(xué)科帶頭人、上海市青年科技啟明星等多人。