中國醫(yī)科大學研究生教育始于建國初期。1978年全國恢復研究生招生，學校是首批獲準招生高校之一。1980年國務院頒布學位條例實行學位制度后，經(jīng)國務院學位委員會批準，學校成為全國首批具有博士和碩士學位授予權的高校之一。從1978年恢復研究生教育至今，學校共招收全日制博士研究生6150人，招收全日制碩士研究生22972人，非全日制碩士研究生7人。截至2022年9月，全日制在校研究生規(guī)模達8565人，其中博士研究生1381人，學術學位碩士研究生2555人，專業(yè)學位碩士研究生4629人。

學校在醫(yī)學、教育學、理學、工學、哲學和管理學等6個學科門類擁有學位授予權，在基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、生物學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、護理學、藥學7個一級學科擁有博士學位授予權，在基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、生物學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、護理學、藥學、生物醫(yī)學工程、心理學、醫(yī)學技術、公共管理11個一級學科擁有碩士學位授予權。設有二級學科博士學位授權點58個，二級學科碩士學位授權點63個，三級學科博士學位授權點71個，三級學科碩士學位授權點76個。

學校師資隊伍雄厚，是國家創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地。教師中有中國工程院院士2人；全國杰出專業(yè)技術人才1人；國務院教育督導委員會國家督學1人；國務院學位委員會學科評議組成員2人；高等學校國家級教學名師1人；國家高層次人才特殊支持計劃（“萬人計劃”）領軍人才4人（其中科技創(chuàng)新領軍人才3人、教學名師1人）、青年拔尖人才人選1人；教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授4人、講座教授1人、青年學者1人；國家自然科學基金委杰出青年科學基金項目獲得者1人；教育部“長江學者和創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃”團隊3個；全國高校黃大年式教師團隊1個；創(chuàng)新人才推進計劃中青年科技創(chuàng)新領軍人才人選1人、重點領域創(chuàng)新團隊2個；“百千萬人才工程”國家級人選8人；國家有突出貢獻的中青年專家2人，國家衛(wèi)生計生突出貢獻中青年專家14人；國務院特殊津貼獲得者50人；“興遼英才計劃”杰出人才1人、高水平創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)團隊培養(yǎng)引進計劃創(chuàng)新團隊1個，遼寧省領軍人才4人次，遼寧省優(yōu)秀專家34人次，遼寧省高等學校攀登學者23人次，遼寧特聘教授45人次；“興遼英才計劃”高層次人才培養(yǎng)支持計劃科技創(chuàng)新領軍人才3人、百千萬人才工程領軍人才1人、科技創(chuàng)新領軍人才（遼寧特聘教授）6人、青年拔尖人才13人；遼寧省普通高校專業(yè)帶頭人5人，高等學校省級教學名師15人，遼寧省優(yōu)秀教師3人，遼寧省黃大年教師團隊1個，遼寧省“百千萬人才工程”百人層次114人、千人層次124人。在中華醫(yī)學會擔任主任委員（含名譽主任委員和候任主任委員）6人，擔任副主任委員6人；現(xiàn)有教育部教學指導委員會主任委員1人，副主任委員3人，委員10人。學校在職教職工9103人。全校各類專業(yè)技術人員占職工總數(shù)的87.7％，全校教授級900人，副教授級1439人，研究生指導教師3465人，其中博士生指導教師557人，碩士生指導教師2908人。

學校研究生教育堅持以服務需求、提高質量為主線，著力培養(yǎng)德才兼?zhèn)?、具有?yōu)秀發(fā)展?jié)撡|的杰出創(chuàng)新人才和較強實踐能力的高素質應用型人才。學校積極推進研究生教育綜合改革，完善學位與研究生教育管理制度，建立層次分明、結構清晰的研究生教育管理體系，強化各責任主體的協(xié)同配合，促進學位與研究生教育發(fā)展機制和質量保障體系的完善。

學校積極推進研究生教育國際化進程，拓展對外開放合作渠道，建立有利于國際互認的研究生學位授予和培養(yǎng)機制。學校完善來校留學研究生政策，制訂更加靈活的招生制度，不斷擴大來校攻讀學位的留學生規(guī)模，提高生源質量，努力創(chuàng)造中外研究生共學互融、跨文化交流的校園環(huán)境。

學校積極完善研究生獎助政策，加大對優(yōu)秀研究生的獎勵力度和貧困學生的資助力度，建立合理有效的獎勵評價體系，包括國家獎學金、學業(yè)獎學金、新生獎學金和社會捐助獎學金等在內，獎學金覆蓋面在非定向博士研究生中達到100%，在碩士研究生中達到50%以上。

學校研究生學位論文曾獲評全國優(yōu)秀博士論文，每年均有多篇學位論文獲評遼寧省優(yōu)秀博、碩士論文。畢業(yè)研究生年終就業(yè)率一直在95%以上，近80%的畢業(yè)生在我國一線城市和省會城市就業(yè)，82%的醫(yī)療衛(wèi)生單位就業(yè)研究生在三級甲等醫(yī)院就業(yè)，畢業(yè)研究生質量獲就業(yè)單位好評。