現(xiàn)代物理研究所（核科學(xué)與技術(shù)系）前身為1958年12月成立的復(fù)旦大學(xué)原子能系（1977年改稱為原子核科學(xué)系），又稱物理二系。建系時設(shè)有原子核物理和放射化學(xué)兩個本科專業(yè)，并從物理系和化學(xué)系調(diào)入學(xué)生學(xué)習專業(yè)。第一屆學(xué)生于1960年7月畢業(yè)。1959年9月開始按核物理和放射化學(xué)專業(yè)招生。1986年放射化學(xué)專業(yè)拓寬并改名為應(yīng)用化學(xué)專業(yè)。1987年原子核物理專業(yè)也拓寬為應(yīng)用物理專業(yè)。1994年兩本科專業(yè)分別并入物理系和化學(xué)系統(tǒng)一招生。1997年7月，復(fù)旦大學(xué)根據(jù)對本科專業(yè)調(diào)整的需要，物理二系建制撤銷，原應(yīng)用化學(xué)專業(yè)改建，成立環(huán)境科學(xué)系。原應(yīng)用物理專業(yè)改建，沿用現(xiàn)代物理研究所，只從事研究生培養(yǎng)。2009年為落實中央關(guān)于加強核科技人才培養(yǎng)和核科學(xué)研究的指示，經(jīng)國家教育部批準復(fù)旦大學(xué)設(shè)立核技術(shù)本科專業(yè)，并于當年開始招生。

現(xiàn)代物理研究所（核科學(xué)與技術(shù)系）目前有5個研究方向，即核物理、粒子物理、原子與分子物理、核技術(shù)及應(yīng)用、理論與計算物理。擁有國家基金委理論物理專款上海核物理理論研究中心（2022年）、教育部重離子物理學(xué)科創(chuàng)新引智基地（2021年）、核物理與離子束應(yīng)用教育部重點實驗室（2019年）、上海市原子與分子物理重點學(xué)科（2010年）等多個科研教學(xué)平臺。本單位是國際主要的粒子物理與核物理大科學(xué)裝置合作實驗的中國牽頭方或骨干成員，如美國布魯克海文國家實驗室（BNL）的RHIC-STAR實驗和RHIC-sPHENIX實驗、歐洲核子中心（CERN）的LHC-ALICE實驗和LHC-CMS實驗、日本高能加速器機構(gòu)（KEK）的Belle實驗和BelleII實驗、意大利格蘭薩索國家實驗室（GNSL）的CUORE實驗、俄羅斯聯(lián)合核子研究所（JINR）的NICA實驗及中國中科院高能物理研究所的BES III實驗等。目前承擔國家重點研發(fā)計劃項目、國家自然科學(xué)基金重大和重點項目、杰出青年基金項目等國家級課題100余項。

本單位目前設(shè)有本科核工程與核技術(shù)專業(yè)，于2021年獲評國家一流本科建設(shè)專業(yè)；有3個碩士學(xué)位授予點，粒子物理與原子核物理、原子與分子物理、等離子體物理；2個博士學(xué)位授予點，即粒子物理與原子核物理、原子與分子物理。

本單位現(xiàn)有教職員工67人，其中教授（含研究員）28人，副教授（含副研究員）24人。學(xué)院有中國科學(xué)院院士3人（含雙聘院士2人），美國物理學(xué)會會士2人、國家海外高層次引進人才1人、萬人領(lǐng)軍2人、國家杰青7人、其他國家級人才計劃入選者16人、上海市人才計劃入選者18人。全系有學(xué)生約300人，其中本科生120人，研究生180人。