首都兒科研究所是新中國第一家兒科醫(yī)學(xué)研究所，前身是中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院兒科研究所，成立于1958年。1983年歸屬北京市衛(wèi)生局，正式更名為首都兒科研究所。1986年首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院正式成立，2021年首都兒科研究所通州院區(qū)動(dòng)工建設(shè)，預(yù)計(jì)2027年投入使用。首都兒科研究所是國務(wù)院學(xué)位辦批準(zhǔn)的臨床醫(yī)學(xué)一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，是北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院兒科學(xué)博士、碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，是北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部博士、碩士培養(yǎng)點(diǎn)。2014年，首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院成為第一批國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，現(xiàn)有兒科及兒外科2個(gè)專業(yè)基地。2018年，獲得第二批國家試點(diǎn)?？婆嘤?xùn)基地，現(xiàn)有新生兒圍產(chǎn)期醫(yī)學(xué)及小兒麻醉學(xué)?？婆嘤?xùn)基地。宋慶齡兒科醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)評獎(jiǎng)辦公室設(shè)立在首都兒科研究所，負(fù)責(zé)宋慶齡兒科醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)的申報(bào)評審等工作。

所院現(xiàn)有職工1937人，高級職稱專家317名，擁有研究生導(dǎo)師83名，其中博士研究生導(dǎo)師24名，已培養(yǎng)博士、碩士研究生400余人。2020年獲批博士后科研工作站，2024年首都兒科研究所博士后科研工作站具有獨(dú)立招收博士后的資格。

研究所設(shè)有13個(gè)基礎(chǔ)研究室，以及兒童保健中心、臨床研究中心、兒童健康大數(shù)據(jù)中心、實(shí)驗(yàn)中心、生物樣本庫，擁有兒童發(fā)育營養(yǎng)組學(xué)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、兒童病毒病原學(xué)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，是世界衛(wèi)生組織兒童衛(wèi)生合作中心、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院兒童發(fā)育及疾病研究中心、中國兒童衛(wèi)生保健疾病防治指導(dǎo)中心、國家CDC婦兒中心合作科技創(chuàng)新合作中心。在六十余年的發(fā)展中，確立了以“兒童保健研究”“兒科疾病應(yīng)用基礎(chǔ)研究”“兒科感染性疾病的病原學(xué)研究”等重點(diǎn)研究方向，承擔(dān)著國家、國際組織和國際間的多邊合作以及科技部、國家衛(wèi)健委、北京市衛(wèi)健委、市科委等一系列關(guān)系到兒童保健、兒科常見病和罕見病等重大研究項(xiàng)目，近5年承擔(dān)百余項(xiàng)國內(nèi)指南及行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)制定。

附屬兒童醫(yī)院為三級甲等醫(yī)院，編制床位400張，開放床位600張，設(shè)有32個(gè)臨床科室，5個(gè)醫(yī)技科室。2023年門診量257萬余人次，住院病人4.2萬余人次，住院手術(shù)量1.2萬余人次。擁有呼吸、重癥醫(yī)學(xué)2個(gè)國家臨床重點(diǎn)?？?、全國小兒微創(chuàng)外科治療中心和疑難危重患兒治療中心，是國家新生兒保健特色?？平ㄔO(shè)單位、國家衛(wèi)計(jì)委衛(wèi)生行業(yè)專項(xiàng)課題先天重大畸形治療技術(shù)科技攻關(guān)牽頭單位、中國出生缺陷救助“示范基地”、中國醫(yī)師協(xié)會(huì)兒科呼吸內(nèi)鏡醫(yī)師培訓(xùn)基地、中國兒童糖尿病管理中心、中華醫(yī)學(xué)會(huì)新生兒學(xué)組委員單位等，是北京市級危重新生兒救治中心、北京市/朝陽區(qū)危重新生兒轉(zhuǎn)會(huì)診指定醫(yī)院、兒科學(xué)科協(xié)同發(fā)展中心（東區(qū)）牽頭單位、呼吸道疾病診斷治療中心、北京市新生兒學(xué)組組長單位等，是北京市緊密型兒科醫(yī)聯(lián)體、京津冀醫(yī)聯(lián)體、北京市朝陽區(qū)兒童醫(yī)聯(lián)體、首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院兒科?？漆t(yī)聯(lián)體的核心醫(yī)院，是北京市衛(wèi)生健康委員會(huì) 北京市殘疾人聯(lián)合會(huì)確定的0-6歲兒童視力、聽力、肢體殘疾(含腦癱)、智力殘疾和孤獨(dú)癥診斷評估機(jī)構(gòu)。

全資子企業(yè)“首兒藥業(yè)（北京）有限公司”是全國首家專業(yè)生產(chǎn)兒童藥品、兒童食品、保健食品、藥食同源食品以及醫(yī)療器械、化妝品、特醫(yī)食品等生產(chǎn)、研發(fā)于一體的企業(yè)，是首都兒科研究所、首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院的科研成果轉(zhuǎn)化基地，其藥品成為了首都兒科研究所特色診療服務(wù)的重要組成部分。