為適應我國經(jīng)濟結構戰(zhàn)略性調(diào)整的要求和軟件產(chǎn)業(yè)發(fā)展對人才的迫切需要，實現(xiàn)我國軟件人才培養(yǎng)的跨越式發(fā)展，教育部和國家發(fā)展計劃委員會以教高[2001]6號文正式批準北京大學等35所高等學校試辦示范性軟件學院，根據(jù)文件精神，北京大學經(jīng)2002年3月15日第451次校長辦公會研究，決定成立“北京大學軟件學院”。

根據(jù)教育部、科技部教高[2003]2號文件：關于批準在北京大學建立“國家集成電路人才培養(yǎng)基地”的精神，北京大學經(jīng)2004年4月20日第531次校長辦公會研究決定，將“北京大學軟件學院”與“北京大學國家集成電路人才培養(yǎng)基地”結合，“北京大學軟件學院”更名為“北京大學軟件與微電子學院”。

2003年12月，在教育部組織的對全國35所示范性軟件學院中期評估中，北京大學軟件學院綜合評比排名第一，被譽為“示范中的示范”；2004年11月9日，學院榮獲“北京大學教學成果一等獎”；2004年12月9日，榮獲“北京市高等教育教學成果一等獎”；2005年9月,榮獲高等教育“國家級教學成果一等獎”；2006年，北京大學軟件與微電子學院順利通過了教育部組織的示范性軟件學院的驗收評估，評估結果為“綜合排名第一”。

北京大學軟件與微電子學院按照北京大學建設世界一流大學的總體規(guī)劃，按新模式建立、新機制運行的北京大學的新型學院。學院在北京大學領導下，堅持黨對學院的全面領導，探索多途徑合作辦學的管理體制與運行機制，與國內(nèi)外企業(yè)合作，不斷深化產(chǎn)教融合，實現(xiàn)培養(yǎng)高層次、實用型、復合交叉型、國際化人才的目標。北京大學軟件與微電子學院秉承北京大學“民主科學、兼容并蓄”的傳統(tǒng)，堅持北大“勤奮、嚴謹、求實、創(chuàng)新”的學風，以堅持創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)、堅持面向需求、堅持質量第一為建院宗旨。

學院于2002年3月成立至今，已形成了一個學院（北京大學軟件與微電子學院）、兩個學科（軟件工程、集成電路工程）、三個基地（國家軟件人才國際培訓北京基地、國家集成電路人才培養(yǎng)基地、軟件工程國家工程研究中心北京工程化基地）的綜合性軟件與微電子人才培養(yǎng)實體。目前，學院以培養(yǎng)軟件工程、集成電路工程等專業(yè)領域工程碩博士研究生為主體，每年可為國家培養(yǎng)輸送800名左右畢業(yè)生。