西南作物基因資源發(fā)掘與利用國家重點實驗室在“作物基因資源與遺傳改良”四川省重點實驗室、“作物生理生態(tài)及栽培”四川省重點實驗室、“西南作物種質資源與利用”農業(yè)部重點實驗室以及“作物基因資源與遺傳改良”教育部國際合作聯合實驗室等4個省部級平臺基礎上進行建設。實驗室建設依托單位為四川農業(yè)大學。2019年5月，實驗室創(chuàng)建工作列入科技部-四川省部省會商；2019年7月，實驗室建設運行實施方案通過科技部基礎司和四川省科技廳共同組織的專家論證；2020年10月，實驗室創(chuàng)建工作通過了科技部和四川省專題協商；2021年1月12日，科技部正式發(fā)文批準建設；2021年7月2日，省委、省政府領導為實驗室揭牌。

實驗室依托的作物學學科是“雙一流”和“211工程”建設的重點學科，歷史悠久，優(yōu)勢和特色突出。在作物遺傳育種、作物栽培和病原菌致病機理研究方面取得系列原創(chuàng)性成果，實驗室近年來在Science、Cell、Nature Plants、NatureMicrobiology等學術刊物發(fā)表了重要學術論文500余篇。在作物基因資源、育種理論與方法、抗病品種選育方面主持獲得了國家技術發(fā)明獎4項（一等獎2項、二等獎2項）、國家自然科學二等獎1項、國家科技進步獎二等獎3項等一流研究成果。實驗室現有人員60余人，凝聚了包括院士、國家杰青、長江學者、萬人計劃領軍人才等國家級人才在內的、老中青相結合的研究隊伍，實驗室主任為陳學偉教授。

實驗室聚焦國家糧食安全戰(zhàn)略目標，設立作物優(yōu)異基因資源發(fā)掘、作物與有害生物互作、作物環(huán)境響應與生理、作物種質創(chuàng)新與品種設計等4個主要研究方向，開展前沿性理論和應用基礎研究。通過深度發(fā)掘作物的優(yōu)良基因、高效利用優(yōu)異基因培育優(yōu)良品種，用于滿足西南地區(qū)農業(yè)的重大生產需求，以此提升西南乃至全國的農業(yè)科技自主創(chuàng)新能力，推動四川從農業(yè)大省向農業(yè)強省的轉變，為增強糧食綜合生產能力、促進區(qū)域經濟可持續(xù)發(fā)展提供強有力的科技和人才支撐。