四川農(nóng)業(yè)大學(xué)小麥研究所是四川省人民政府批準(zhǔn)建立的專業(yè)研究機(jī)構(gòu)。1984年成立于都江堰，2008年“5.12汶川大地震”后搬遷到成都校區(qū)。目前在職教職工47人，有博士學(xué)位的教師27人。共有專職教學(xué)科研人員25人，教學(xué)科研輔助人員18人。其中，教授13人、副教授11人，獲得國外博士學(xué)位2人，19人具有國外留學(xué)經(jīng)歷。國務(wù)院政府特殊津貼4人，國家百千萬人才工程一、二層次首批人選1人，新世紀(jì)百千萬人才工程國家級人選3人，中國科學(xué)院“百人計劃”1人，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才計劃4人，天府萬人計劃2人，四川省學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人5人，四川省有突出貢獻(xiàn)的優(yōu)秀專家5人，四川省“天府峨眉計劃”3人。

研究所成立以來，全面系統(tǒng)考察、收集和征集我國和世界范圍的小麥族資源, 建立了國內(nèi)外完善的小麥族種質(zhì)資源基因庫和標(biāo)本室。目前共保存了世界范圍的小麥族30屬400余種萬余份小麥族種質(zhì)資源，完成了30屬364種5063份標(biāo)本的數(shù)字化，包括模式標(biāo)本29份。建立了3個新屬，發(fā)現(xiàn)了13個新種。根據(jù)建立的小麥族分類新體系，出版了《小麥族生物系統(tǒng)學(xué)》專著1-5卷，涵蓋30個屬464個物種。同時，為了更好利用小麥外源物種資源，重點(diǎn)圍繞小麥族屬種進(jìn)化生物學(xué)、基因資源發(fā)掘、種質(zhì)資源創(chuàng)新利用等進(jìn)行研究，每年在國內(nèi)外學(xué)術(shù)刊物發(fā)表相關(guān)研究論文50篇左右。利用發(fā)掘的優(yōu)異資源，培育了川農(nóng)16、良麥2號、良麥3號、良麥4號、蜀麥375、蜀麥482、蜀麥51、蜀麥969、蜀麥921、蜀麥126、蜀麥137、蜀麥580、蜀麥133、蜀麥830、蜀麥691、蜀麥114、蜀麥1675、蜀麥1613、蜀麥1671、蜀麥1868、蜀麥1862、蜀麥1958和蜀麥1963等小麥新品種和川中鵝觀草、川引鵝觀草、川西肅草等國審牧草新品種。

獲省部級以上科技獎勵22項(xiàng)。其中, “小麥高產(chǎn)、抗銹的優(yōu)良種質(zhì)資源‘繁六’及姊妹系”獲得1990年國家技術(shù)發(fā)明獎一等獎（主持），“小麥族種質(zhì)資源研究”獲得2000年國家自然科學(xué)獎二等獎（主持），“小麥種質(zhì)資源重要育種性狀的評價與創(chuàng)新利用”獲得2014年國家科技進(jìn)步獎二等獎（參與），5項(xiàng)成果獲得四川省科技進(jìn)步獎一等獎（主持，1999、2006、2011、2016年；主研，2020年）。

1988年開始招收博士研究生，已畢業(yè)博士163名，其中2篇博士學(xué)位論文分獲2003和2004年度全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文（小麥特異種質(zhì)資源分子生物學(xué)研究；山羊草物種高分子量麥谷蛋白基因的分子克?。?，3篇博士學(xué)位論文獲得2008，2009，2010年全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文提名（小麥族猬草屬植物基因組組成及其分類地位研究；小麥異源六倍化過程及其在遺傳育種中的應(yīng)用；小麥種子蛋白及赤霉病抗性相關(guān)基因的分子鑒定）。近年來，先后有一大批博士生及碩士畢業(yè)生，獲國家留學(xué)基金會資助在美國、英國、德國、加拿大、澳大利亞、比利時、日本等國家的高校或科研機(jī)構(gòu)進(jìn)行聯(lián)合培養(yǎng)及攻讀博士學(xué)位。

前中共中央總書記、國家主席江澤民于1991年4月19日視察四川農(nóng)業(yè)大學(xué)小麥研究所, 對研究工作給予了充分肯定。