中國科學院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國科學院在西北地區(qū)建立的第一個科研機構。1987年由中國科學院和水利部雙重管理，1995年經國家批準確定現所名。1998年被中國科學院列入國家知識創(chuàng)新工程首批試點單位。1999年根據國務院文件，與楊凌其它6個科教單位合并組建“西北農林科技大學”。2001年中國科學院與教育部聯合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識創(chuàng)新工程試點單位繼續(xù)納入中國科學院研究機構序列。2023年7月，學校在水土保持研究所基礎上整合資源環(huán)境學院水土保持系科教力量組建“水土保持科學與工程學院（水土保持研究所）”，簡稱“水保學院”。

水保學院以服務國家生態(tài)文明建設為主要任務，以建設世界一流的水土保持與荒漠化防治學學科為主要目標，重點圍繞水土保持與荒漠化防治學、農業(yè)工程（農業(yè)水土工程方向）等領域開展人才培養(yǎng)工作；深度聚焦黃河流域生態(tài)保護和高質量發(fā)展、山水林田湖草沙一體化治理國家戰(zhàn)略需求，努力建成科教深度融合的國際化高水平研究型學院。

設有黃土高原土壤侵蝕與旱地農業(yè)國家重點實驗室、國家節(jié)水灌溉楊凌工程技術研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術研究中心、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、水土保持與荒漠化防治系和信息技術部等6個教學、科研和技術支撐單元。在黃土高原不同類型區(qū)，建有國家安塞水土保持綜合試驗站、國家長武黃土高原農業(yè)生態(tài)試驗站、國家神木侵蝕與環(huán)境試驗站、固原生態(tài)試驗站（林草生態(tài)研究室）和楊凌水土保持野外科學試驗站等野外站。建有人工降雨模擬大廳、人工模擬干旱大廳和人工模擬徑流大廳等重要科研平臺，形成了集基礎研究、應用研究、試驗示范、技術轉移轉化、決策服務于一體的水土保持科研體系。同時設有黨政辦公室、科技辦公室、人事和保障辦公室、研究生部、本科教學辦公室、學生工作辦公室等管理服務單元。

現有教職工209人，其中：中國科學院院士1人、中國工程院院士1人、國際歐亞科學院院士1人；正高職稱73人，副高職稱70人。博士生導師97人，碩士生導師43人。擁有土壤學、生態(tài)學和水土保持與荒漠化防治3個博士及碩士學位授予點，“國土科學與工程”交叉學科博士學位授予點，環(huán)境工程1個專業(yè)碩士學位授權點，水土保持與荒漠化防治本科專業(yè)，設有農業(yè)資源與環(huán)境、生態(tài)學兩個博士后科研流動站。現有在學研究生640人（其中國科學院大學189人，西北農林科技大學451人），本科生276人。

水保學院以“團結、敬業(yè)、求實、創(chuàng)新”為院風，凝練出以“厚重樸實、協力攻關、求實創(chuàng)新、無私奉獻”為內涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎。