中國(guó)科學(xué)院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國(guó)科學(xué)院在西北地區(qū)建立的第一個(gè)科研機(jī)構(gòu)。1987年由中國(guó)科學(xué)院和水利部雙重管理，1995年經(jīng)國(guó)家批準(zhǔn)確定現(xiàn)所名。1998年被中國(guó)科學(xué)院列入國(guó)家知識(shí)創(chuàng)新工程首批試點(diǎn)單位。1999年根據(jù)國(guó)務(wù)院文件，與楊凌其它6個(gè)科教單位合并組建“西北農(nóng)林科技大學(xué)”。2001年中國(guó)科學(xué)院與教育部聯(lián)合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位繼續(xù)納入中國(guó)科學(xué)院研究機(jī)構(gòu)序列。2023年7月，學(xué)校在水土保持研究所基礎(chǔ)上整合資源環(huán)境學(xué)院水土保持系科教力量組建“水土保持科學(xué)與工程學(xué)院（水土保持研究所）”，簡(jiǎn)稱(chēng)“水保學(xué)院”。

水保學(xué)院以服務(wù)國(guó)家生態(tài)文明建設(shè)為主要任務(wù)，以建設(shè)世界一流的水土保持與荒漠化防治學(xué)學(xué)科為主要目標(biāo)，重點(diǎn)圍繞水土保持與荒漠化防治學(xué)、農(nóng)業(yè)工程（農(nóng)業(yè)水土工程方向）等領(lǐng)域開(kāi)展人才培養(yǎng)工作；深度聚焦黃河流域生態(tài)保護(hù)和高質(zhì)量發(fā)展、山水林田湖草沙一體化治理國(guó)家戰(zhàn)略需求，努力建成科教深度融合的國(guó)際化高水平研究型學(xué)院。

設(shè)有黃土高原土壤侵蝕與旱地農(nóng)業(yè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家節(jié)水灌溉楊凌工程技術(shù)研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術(shù)研究中心、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、水土保持與荒漠化防治系和信息技術(shù)部等6個(gè)教學(xué)、科研和技術(shù)支撐單元。在黃土高原不同類(lèi)型區(qū)，建有國(guó)家安塞水土保持綜合試驗(yàn)站、國(guó)家長(zhǎng)武黃土高原農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗(yàn)站、國(guó)家神木侵蝕與環(huán)境試驗(yàn)站、固原生態(tài)試驗(yàn)站（林草生態(tài)研究室）和楊凌水土保持野外科學(xué)試驗(yàn)站等野外站。建有人工降雨模擬大廳、人工模擬干旱大廳和人工模擬徑流大廳等重要科研平臺(tái)，形成了集基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究、試驗(yàn)示范、技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化、決策服務(wù)于一體的水土保持科研體系。同時(shí)設(shè)有黨政辦公室、科技辦公室、人事和保障辦公室、研究生部、本科教學(xué)辦公室、學(xué)生工作辦公室等管理服務(wù)單元。

現(xiàn)有教職工209人，其中：中國(guó)科學(xué)院院士1人、中國(guó)工程院院士1人、國(guó)際歐亞科學(xué)院院士1人；正高職稱(chēng)73人，副高職稱(chēng)70人。博士生導(dǎo)師97人，碩士生導(dǎo)師43人。擁有土壤學(xué)、生態(tài)學(xué)和水土保持與荒漠化防治3個(gè)博士及碩士學(xué)位授予點(diǎn)，“國(guó)土科學(xué)與工程”交叉學(xué)科博士學(xué)位授予點(diǎn)，環(huán)境工程1個(gè)專(zhuān)業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，水土保持與荒漠化防治本科專(zhuān)業(yè)，設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、生態(tài)學(xué)兩個(gè)博士后科研流動(dòng)站?，F(xiàn)有在學(xué)研究生640人（其中國(guó)科學(xué)院大學(xué)189人，西北農(nóng)林科技大學(xué)451人），本科生276人。

水保學(xué)院以“團(tuán)結(jié)、敬業(yè)、求實(shí)、創(chuàng)新”為院風(fēng)，凝練出以“厚重樸實(shí)、協(xié)力攻關(guān)、求實(shí)創(chuàng)新、無(wú)私奉獻(xiàn)”為內(nèi)涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。