中國科學院沈陽應用生態(tài)研究所（以下簡稱沈陽生態(tài)所）成立于1954年，其前身為中國科學院林業(yè)土壤研究所，1987年更為現名，2001年成為國家知識創(chuàng)新工程試點單位，2015年成為中國科學院“生態(tài)文明建設”領域首批特色研究所試點單位。

建所以來，圍繞現代農林業(yè)可持續(xù)發(fā)展和生態(tài)環(huán)境建設中亟需解決的重大科技問題，結合應用生態(tài)學發(fā)展需要，沈陽生態(tài)所在森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程領域開展基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性研究，完善和創(chuàng)新應用生態(tài)學理論、方法和技術體系；聚焦退化生態(tài)系統(tǒng)恢復-重建與生態(tài)安全、黑土地保護-利用與糧食安全、污染環(huán)境治理-改善與低碳綠色發(fā)展，為東北工農業(yè)現代化和新型城鎮(zhèn)化提供生態(tài)與環(huán)境保障，為生態(tài)文明-美麗中國建設提供科技支撐。

沈陽生態(tài)所設有3個研究中心，分別是森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程研究中心、土壤生態(tài)與農業(yè)生態(tài)工程研究中心、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程研究中心?，F有1個國地聯(lián)合實驗室、3個院級實驗室、11個省級實驗室和專業(yè)技術創(chuàng)新中心，分別是污染土壤生物-物化協(xié)同修復技術國家地方聯(lián)合工程實驗室、中國科學院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點實驗室、中國科學院森林生態(tài)與管理重點實驗室、中國科學院綠色肥料工程實驗室、遼寧省節(jié)水農業(yè)重點實驗室、遼寧省生態(tài)公益林經營管理重點實驗室、遼寧省植物資源保護與利用重點實驗室、遼寧省土壤污染控制與生態(tài)修復重點實驗室、遼寧省環(huán)境計算與可持續(xù)發(fā)展重點實驗室、遼寧省穩(wěn)定同位素技術重點實驗室、遼寧省現代保護性耕作與生態(tài)農業(yè)重點實驗室、遼寧省陸地生態(tài)系統(tǒng)碳中和重點實驗室、遼寧省肥料專業(yè)技術創(chuàng)新中心、遼寧省污染環(huán)境生態(tài)修復專業(yè)技術創(chuàng)新中心、遼寧省農產品環(huán)境及質量安全控制專業(yè)技術創(chuàng)新中心。

研究所在不同地帶、不同類型地區(qū)建有10個野外站，包括4個國家站（同為CERN站），分別是吉林長白山森林生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、遼寧沈陽農田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、湖南會同森林生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、遼寧清原森林生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站；包括3個所級站，分別是烏蘭敖都荒漠化試驗站、額爾古納森林草原過渡帶生態(tài)系統(tǒng)研究站、大青溝沙地生態(tài)實驗站；包括3個與國家林草局共建站，分別是吉林長白山西坡森林生態(tài)系統(tǒng)定位站、內蒙古額爾古納濕地生態(tài)系統(tǒng)定位觀測研究站、遼寧沈陽城市生態(tài)系統(tǒng)定位觀測研究站。

研究所建有被譽為“大城市中小森林”之稱的沈陽樹木園，園區(qū)占地達135公頃（包括萬柳塘園區(qū)和輝山分園），建有展覽溫室和實驗溫室3000平方米；目前園內擁有植物專類區(qū)25個，保育植物資源2600余種，珍稀瀕危植物61種；現遷地保育原生種植物1194種、本土植物1800余種、國家重點保護野生植物41種；此外，保存IUCN珍稀瀕危植物38種、《中國生物多樣性紅色名錄》珍稀瀕危植物56種；完成東北地區(qū)受威脅物種60%以上的有效保護。

研究所擁有東北地區(qū)最大的生物標本館，館藏標本61萬份，其中包括維管束植物標本29萬份，苔蘚標本13萬份，地衣標本3萬份，高等真菌標本4萬份，昆蟲標本7.2萬份，病害標本1萬份，木材標本1千份，微生物標本2萬份及土壤標本2萬份。

沈陽生態(tài)所是1981年國務院學位委員會首次批準的博士學位點，現設有生態(tài)學、農業(yè)資源與環(huán)境2個一級學科博士研究生培養(yǎng)點，微生物學、環(huán)境科學2個二級學科博士研究生培養(yǎng)點，生態(tài)學、農業(yè)資源與環(huán)境2個一級學科碩士研究生培養(yǎng)點，微生物學、植物學、森林培育、環(huán)境科學等4個專業(yè)二級學科碩士研究生培養(yǎng)點；并設有生態(tài)學、農業(yè)資源與環(huán)境2個一級學科博士后流動站。

截至2023年底，我所在崗職工467人。其中，在崗的專業(yè)技術人員312人，包括正高級91人、副高級106人、中初級115人。擁有院士1人；國家杰出青年基金獲得者2人；國家優(yōu)秀青年基金獲得者11人，在學研究生389人，其中博士208人，碩士181人，在站博士后55人。

截至2023年底，共獲得省部級以上獎勵240余項，其中國家獎34項，省部級獎213項，出版專著近320余部，發(fā)表論文12000余篇，其中SCI論文超過5300篇: 授權專利653項。

沈陽生態(tài)所與美國、英國、德國、比利時、俄羅斯、瑞士、日本等國家的眾多高水平大學和科研機構開展卓有成效的合作研究與學術交流，與國內知名高校和相關企業(yè)建立了合作關系。

沈陽生態(tài)所是遼寧省生態(tài)學會、遼寧省植物學會、遼寧省土壤學會、沈陽市植物學會的掛靠單位；主辦中文期刊《應用生態(tài)學報》《生態(tài)學雜志》，及SCIE期刊Ecological Processes等學術刊物。