中國(guó)科學(xué)院南京土壤研究所（簡(jiǎn)稱南京土壤研究所）成立于1953年，其前身為1930年創(chuàng)立的中央地質(zhì)調(diào)查所土壤研究室。自成立以來(lái)，南京土壤研究所一直肩負(fù)著為中國(guó)農(nóng)業(yè)發(fā)展和生態(tài)環(huán)境建設(shè)服務(wù)的重任，凝聚和培養(yǎng)了一大批優(yōu)秀人才，開(kāi)展了一系列卓有成效的研究工作，逐步發(fā)展成為在土壤科學(xué)領(lǐng)域研究實(shí)力雄厚、分支學(xué)科齊全并在國(guó)際上享有較高聲譽(yù)的國(guó)家級(jí)研究中心和高級(jí)人才培養(yǎng)基地，為我國(guó)乃至世界土壤科學(xué)的發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。

近年來(lái)，南京土壤研究所緊緊圍繞“四個(gè)率先”和“兩加快一努力”目標(biāo)要求，聚焦實(shí)施鄉(xiāng)村振興和建設(shè)美麗中國(guó)等重大戰(zhàn)略部署，以土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復(fù)、植物營(yíng)養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等為核心研究領(lǐng)域，全面實(shí)施“一三五”規(guī)劃，促進(jìn)產(chǎn)出重大原創(chuàng)成果，率先開(kāi)展“四類機(jī)構(gòu)”改革，以優(yōu)秀的成績(jī)圓滿完成了特色所試點(diǎn)建設(shè)的總體目標(biāo)，為實(shí)現(xiàn)創(chuàng)新跨越發(fā)展、建設(shè)國(guó)際化一流科研機(jī)構(gòu)奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。

南京土壤研究所現(xiàn)有土壤與農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、土壤養(yǎng)分管理與污染修復(fù)國(guó)家工程研究中心、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部耕地保育綜合性重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等重要研究平臺(tái)；設(shè)有土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復(fù)、植物營(yíng)養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等5個(gè)研究部以及土壤資源與遙感應(yīng)用、土壤－植物營(yíng)養(yǎng)與肥料、土壤化學(xué)與環(huán)境保護(hù)、土壤物理與鹽漬土、土壤生物與生化、土壤與環(huán)境生物修復(fù)、土壤利用與環(huán)境變化等研究單元；還擁有土壤科學(xué)數(shù)據(jù)中心（中國(guó)生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(luò)土壤分中心）、河南封丘農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、江西鷹潭農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、江蘇常熟農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、中國(guó)科學(xué)院三峽工程生態(tài)環(huán)境湖北秭歸實(shí)驗(yàn)站。此外，擁有聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織的特約圖書(shū)館和亞洲最大的土壤標(biāo)本館；土壤與環(huán)境分析測(cè)試中心是國(guó)家質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局認(rèn)定的國(guó)家計(jì)量認(rèn)證合格單位。

開(kāi)展知識(shí)創(chuàng)新工程以來(lái)，南京土壤研究所推動(dòng)并參與實(shí)施了國(guó)家在土壤學(xué)及其相關(guān)領(lǐng)域的所有重大科技計(jì)劃。截至目前，先后主持了國(guó)家“973”項(xiàng)目6項(xiàng)，國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目8項(xiàng)，“863”重大項(xiàng)目1項(xiàng)，“863”重點(diǎn)項(xiàng)目12項(xiàng)，科技基礎(chǔ)性工作專項(xiàng)2項(xiàng)，重大科技專項(xiàng)課題4項(xiàng)，科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目2項(xiàng)，公益性行業(yè)科技重大專項(xiàng)4項(xiàng)，國(guó)家自然科學(xué)基金重大項(xiàng)目2項(xiàng)、重大研究計(jì)劃課題6項(xiàng)，基金重點(diǎn)項(xiàng)目19項(xiàng)，基金國(guó)際合作重大項(xiàng)目11項(xiàng)等一大批國(guó)家重大科技任務(wù)，充分體現(xiàn)了我所在土壤學(xué)及其相關(guān)研究領(lǐng)域的主導(dǎo)地位和整體競(jìng)爭(zhēng)實(shí)力。近5年來(lái)，累計(jì)獲得18項(xiàng)各級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)，發(fā)表SCI論文1500多篇，國(guó)內(nèi)核心期刊論文1200余篇，出版學(xué)術(shù)專著40余部，授權(quán)發(fā)明專利90多項(xiàng)。

截至目前，南京土壤研究所共有在冊(cè)職工307人。包括中國(guó)工程院院士1人，研究員及正高級(jí)工程技術(shù)人員70人、副研究員及高級(jí)工程技術(shù)人員93人。國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者10人。

南京土壤研究所是1981年國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)的首批具有碩士和博士學(xué)位授予權(quán)的單位之一，現(xiàn)設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、環(huán)境科學(xué)與工程、生態(tài)學(xué)等3個(gè)一級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，土壤學(xué)、植物營(yíng)養(yǎng)學(xué)、環(huán)境科學(xué)等11個(gè)專業(yè)二級(jí)學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，并設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、環(huán)境科學(xué)與工程、生態(tài)學(xué)3個(gè)一級(jí)學(xué)科博士后流動(dòng)站。

南京土壤研究所先后與30多個(gè)國(guó)家和地區(qū)建立了合作研究關(guān)系，與英國(guó)洛桑試驗(yàn)站、蘇格蘭作物科學(xué)研究所、日本農(nóng)業(yè)環(huán)境研究所、澳大利亞Melbourn大學(xué)、Griffith 大學(xué)等一批國(guó)際著名研究機(jī)構(gòu)和大學(xué)簽訂了長(zhǎng)期全面合作協(xié)議。2018年通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)成功獲得第23屆世界土壤學(xué)大會(huì)舉辦權(quán)。作為全球數(shù)字土壤制圖計(jì)劃亞洲中心、國(guó)際氮素行動(dòng)計(jì)劃東亞中心、全球土壤伙伴計(jì)劃亞洲中心、全球土壤修復(fù)網(wǎng)絡(luò)亞洲中心，代表中國(guó)在國(guó)際土壤學(xué)組織以及重大科研行動(dòng)計(jì)劃中持續(xù)發(fā)揮了主導(dǎo)作用。

南京土壤研究所是中國(guó)土壤學(xué)會(huì)、江蘇省土壤學(xué)會(huì)和全國(guó)土壤質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)的掛靠單位；主辦Pedosphere、《土壤學(xué)報(bào)》、《土壤》等３份學(xué)術(shù)期刊，其中Pedosphere是我國(guó)唯一的土壤科學(xué)英文學(xué)術(shù)期刊且被收錄為SCI源刊。