中國(guó)科學(xué)院微生物研究所（簡(jiǎn)稱(chēng)“微生物所”）成立于1958年12月3日，由中國(guó)科學(xué)院應(yīng)用真菌研究所和中國(guó)科學(xué)院北京微生物研究室合并而成。目前已發(fā)展成為一個(gè)具有雄厚研究基礎(chǔ)和廣泛影響力的微生物學(xué)研究和微生物技術(shù)研發(fā)機(jī)構(gòu)。

微生物所堅(jiān)持“微生物、高科技、大產(chǎn)業(yè)”的戰(zhàn)略定位，致力于成為微生物領(lǐng)域重要的國(guó)家戰(zhàn)略科技力量，面向世界科技前沿、人民生命健康和經(jīng)濟(jì)社會(huì)可持續(xù)發(fā)展，針對(duì)具有戰(zhàn)略意義的微生物類(lèi)群，圍繞微生物多樣性及資源深度挖掘和病原微生物感染免疫與關(guān)鍵防控技術(shù)，開(kāi)展前瞻性、戰(zhàn)略性的基礎(chǔ)研究和關(guān)鍵技術(shù)研究，努力促進(jìn)基礎(chǔ)理論和關(guān)鍵核心技術(shù)突破，帶動(dòng)新興產(chǎn)業(yè)發(fā)展，為實(shí)現(xiàn)高水平科技自立自強(qiáng)做出重要貢獻(xiàn)。

微生物所設(shè)有微生物資源前期開(kāi)發(fā)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、真菌學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、植物基因組學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（與中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所共建）、中國(guó)科學(xué)院微生物生理與代謝工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院病原微生物與免疫學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室五個(gè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2020年2月，依托微生物所成立了中國(guó)科學(xué)院農(nóng)業(yè)微生物先進(jìn)技術(shù)工程實(shí)驗(yàn)室。同時(shí)設(shè)有微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化中心、生物安全與動(dòng)物實(shí)驗(yàn)公共平臺(tái)、所級(jí)公共技術(shù)中心等技術(shù)支撐平臺(tái)和一個(gè)專(zhuān)業(yè)性圖書(shū)館。依托微生物所還建設(shè)有中國(guó)科學(xué)院——發(fā)展中國(guó)家科學(xué)院生物技術(shù)卓越中心、中國(guó)科學(xué)院——發(fā)展中國(guó)家科學(xué)院新發(fā)突發(fā)傳染病研究與交流卓越中心和中國(guó)科學(xué)院流感研究與預(yù)警中心?？萍疾亢拓?cái)政部首批啟動(dòng)的國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心(NMDC)、具有國(guó)際影響力的世界微生物數(shù)據(jù)中心（WDCM），均設(shè)在微生物所。微生物所同時(shí)擁有保藏量8萬(wàn)余株的中國(guó)普通微生物菌種保藏管理中心（CGMCC）和館藏55萬(wàn)余號(hào)標(biāo)本的菌物標(biāo)本館。

“十三五”期間，微生物所在新發(fā)突發(fā)傳染病跨種傳播、微生物-宿主相互作用、微生物技術(shù)創(chuàng)新與資源利用等領(lǐng)域取得一系列成果和進(jìn)展，在Cell、Nature、Science等期刊發(fā)表高水平研究論文2135篇；申請(qǐng)國(guó)內(nèi)和國(guó)際專(zhuān)利525余項(xiàng)、授權(quán)321余項(xiàng)；埃博拉和新冠等研究成果入選“2016年生命科學(xué)領(lǐng)域十大進(jìn)展”和“2020年中國(guó)科學(xué)十大進(jìn)展”。微生物所研發(fā)的重組新冠病毒蛋白疫苗具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)并在國(guó)內(nèi)首個(gè)獲批緊急使用，研發(fā)的新冠肺炎治療性抗體成為首個(gè)在我國(guó)開(kāi)展臨床試驗(yàn)的特異性藥物；此兩項(xiàng)成果入選中國(guó)科學(xué)院“率先行動(dòng)”計(jì)劃第一階段重大科技成果及標(biāo)志性進(jìn)展。阿維菌素微生物高效合成獲國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)，病原室團(tuán)隊(duì)獲“求是”杰出科技成就集體獎(jiǎng)和全國(guó)創(chuàng)新?tīng)?zhēng)先獎(jiǎng)。

微生物所目前共有在編職工近500人，其中中國(guó)科學(xué)院院士5人，“國(guó)家杰出青年基金項(xiàng)目”獲得者13人，“國(guó)家優(yōu)秀青年基金項(xiàng)目”獲得者16人。設(shè)有生物學(xué)和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個(gè)博士后流動(dòng)站，在站博士后115人，在讀博士和碩士研究生500余人。微生物所現(xiàn)設(shè)有生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和藥學(xué)三個(gè)一級(jí)學(xué)科，包括微生物學(xué)、遺傳學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生物信息學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、微生物與生化藥學(xué)等七個(gè)二級(jí)學(xué)科專(zhuān)業(yè)博士、碩士學(xué)位研究生培養(yǎng)點(diǎn)；設(shè)有生物與醫(yī)藥專(zhuān)業(yè)碩士學(xué)位研究生培養(yǎng)點(diǎn)。

目前掛靠微生物所的學(xué)術(shù)組織有中國(guó)微生物學(xué)會(huì)、中國(guó)菌物學(xué)會(huì)、中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)3個(gè)國(guó)家級(jí)學(xué)會(huì)。微生物所與相關(guān)學(xué)會(huì)共同主持編輯出版的學(xué)術(shù)刊物有《微生物學(xué)報(bào)》《微生物學(xué)通報(bào)》《菌物學(xué)報(bào)》《生物工程學(xué)報(bào)》及英文刊物mLife、Mycology等。