中國科學院微生物研究所（簡稱“微生物所”）成立于1958年12月3日，由中國科學院應用真菌研究所和中國科學院北京微生物研究室合并而成。目前已發(fā)展成為一個具有雄厚研究基礎(chǔ)和廣泛影響力的微生物學研究和微生物技術(shù)研發(fā)機構(gòu)。

微生物所堅持“微生物、高科技、大產(chǎn)業(yè)”的戰(zhàn)略定位，致力于成為微生物領(lǐng)域重要的國家戰(zhàn)略科技力量，面向世界科技前沿、人民生命健康和經(jīng)濟社會可持續(xù)發(fā)展，針對具有戰(zhàn)略意義的微生物類群，圍繞微生物多樣性及資源深度挖掘和病原微生物感染免疫與關(guān)鍵防控技術(shù)，開展前瞻性、戰(zhàn)略性的基礎(chǔ)研究和關(guān)鍵技術(shù)研究，努力促進基礎(chǔ)理論和關(guān)鍵核心技術(shù)突破，帶動新興產(chǎn)業(yè)發(fā)展，為實現(xiàn)高水平科技自立自強做出重要貢獻。

微生物所設有微生物資源前期開發(fā)國家重點實驗室、真菌學國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所共建）、中國科學院微生物生理與代謝工程重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室五個重點實驗室。2020年2月，依托微生物所成立了中國科學院農(nóng)業(yè)微生物先進技術(shù)工程實驗室。同時設有微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化中心、生物安全與動物實驗公共平臺、所級公共技術(shù)中心等技術(shù)支撐平臺和一個專業(yè)性圖書館。依托微生物所還建設有中國科學院——發(fā)展中國家科學院生物技術(shù)卓越中心、中國科學院——發(fā)展中國家科學院新發(fā)突發(fā)傳染病研究與交流卓越中心和中國科學院流感研究與預警中心?？萍疾亢拓斦渴着鷨拥膰椅⑸锟茖W數(shù)據(jù)中心(NMDC)、具有國際影響力的世界微生物數(shù)據(jù)中心（WDCM），均設在微生物所。微生物所同時擁有保藏量8萬余株的中國普通微生物菌種保藏管理中心（CGMCC）和館藏55萬余號標本的菌物標本館。

“十三五”期間，微生物所在新發(fā)突發(fā)傳染病跨種傳播、微生物-宿主相互作用、微生物技術(shù)創(chuàng)新與資源利用等領(lǐng)域取得一系列成果和進展，在Cell、Nature、Science等期刊發(fā)表高水平研究論文2135篇；申請國內(nèi)和國際專利525余項、授權(quán)321余項；埃博拉和新冠等研究成果入選“2016年生命科學領(lǐng)域十大進展”和“2020年中國科學十大進展”。微生物所研發(fā)的重組新冠病毒蛋白疫苗具有自主知識產(chǎn)權(quán)并在國內(nèi)首個獲批緊急使用，研發(fā)的新冠肺炎治療性抗體成為首個在我國開展臨床試驗的特異性藥物；此兩項成果入選中國科學院“率先行動”計劃第一階段重大科技成果及標志性進展。阿維菌素微生物高效合成獲國家科技進步獎二等獎，病原室團隊獲“求是”杰出科技成就集體獎和全國創(chuàng)新爭先獎。

微生物所目前共有在編職工近500人，其中中國科學院院士5人，“國家杰出青年基金項目”獲得者13人，“國家優(yōu)秀青年基金項目”獲得者16人。設有生物學和基礎(chǔ)醫(yī)學2個博士后流動站，在站博士后115人，在讀博士和碩士研究生500余人。微生物所現(xiàn)設有生物學、基礎(chǔ)醫(yī)學和藥學三個一級學科，包括微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學、生物信息學、病原生物學、免疫學、微生物與生化藥學等七個二級學科專業(yè)博士、碩士學位研究生培養(yǎng)點；設有生物與醫(yī)藥專業(yè)碩士學位研究生培養(yǎng)點。

目前掛靠微生物所的學術(shù)組織有中國微生物學會、中國菌物學會、中國生物工程學會3個國家級學會。微生物所與相關(guān)學會共同主持編輯出版的學術(shù)刊物有《微生物學報》《微生物學通報》《菌物學報》《生物工程學報》及英文刊物mLife、Mycology等。