中國科學院南海海洋研究所成立于1959年1月，是國立綜合性海洋研究機構。現(xiàn)有正高級人員115人，研究生導師183人。擁有院士3人，973計劃或國家重點研發(fā)任務項目首席科學家20人，國家杰出青年科學基金獲得者13人，中科院特聘研究崗位72人。國家基金重大項目2個、創(chuàng)新群體1個，擁有海洋科學、環(huán)境科學與工程一級學科博士學位授予點和博士后科研流動站。

重點研究熱帶邊緣海海洋水圈－地圈－生物圈圈層結構及其相互作用特征與演變規(guī)律，探討其對資源形成和環(huán)境變化的控制和影響，發(fā)展具有南海特色的熱帶海洋資源與環(huán)境過程理論體系和應用技術。以生態(tài)安全與綠色發(fā)展、海-陸-氣相互作用與環(huán)境安全、邊緣海與大洋板塊相互作用和環(huán)境保障為戰(zhàn)略主題，聚焦生態(tài)文明和海洋建設，著力突破海洋領域前沿科學問題和關鍵核心技術，力爭建成國際水平的熱帶海洋科學研究、人才培養(yǎng)、成果轉移轉化三高地，從而為發(fā)展我國海洋經濟和維護海洋權益做出基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻。

重點學科領域：熱帶海洋環(huán)境動力與生態(tài)過程、邊緣海地質演化與油氣資源、熱帶海洋生物資源可持續(xù)利用與生態(tài)保護和海洋環(huán)境觀測體系及其關鍵技術。

設有熱帶海洋環(huán)境國家重點實驗室、中國科學院邊緣海與大洋地質重點實驗室（與廣州地化所共建）、中國科學院熱帶海洋生物資源與生態(tài)重點實驗室、中國科學院應用海洋學實驗室、中國科學院海洋微生物研究中心、中科院島礁綜合性研究中心、中國科學院中國-斯里蘭卡聯(lián)合科教中心（海外基地）以及廣東省海洋藥物重點實驗室、廣東省應用海洋生物學重點實驗室、廣東省海洋遙感重點實驗室、海南省熱帶海洋生物技術重點實驗室與海洋環(huán)境工程中心等。擁有廣東大亞灣海洋生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、海南三亞海洋生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站，海南西沙海洋環(huán)境國家野外科學觀測研究站、湛江海洋經濟動物實驗站、粵東上升流區(qū)海洋生態(tài)系統(tǒng)綜合觀測研究站（汕頭海洋植物實驗站）和南沙海洋生態(tài)環(huán)境實驗站。有“實驗1”“實驗3”“實驗6”3艘大型海洋科學考察船和一個淡水碼頭。擁有儀器設備公共服務中心、海洋環(huán)境檢測中心、南海海洋生物標本館和海洋信息服務中心。南海海洋所牽頭，聯(lián)合廣州能源所和華南植物園等24家研究所籌建中科院南海生態(tài)環(huán)境工程創(chuàng)新研究院；聯(lián)合自然資源部廣州海洋地質調查局等50家單位籌建南方海洋科學與工程廣東省實驗室（廣州）。獲科技部批準建設中國-斯里蘭卡熱帶海洋環(huán)境“一帶一路”聯(lián)合實驗室，國家重大科技基礎設施“冷泉生態(tài)系統(tǒng)研究裝置”申建工作推進順利。

近60年來，南海海洋所共取得科研成果近800項，獲國家、中科院、部委和省市級成果獎260項，相關科技創(chuàng)新團隊榮獲中共中央授予的“模范集體”稱號（2018年）；代表性成果有“熱帶海洋微生物新型生物酶高效轉化軟體動物功能肽的關鍵技術”、“熱帶海洋生物活性物質的利用技術”、“南海與鄰近熱帶區(qū)域的海洋聯(lián)系及動力機制”和“南沙群島及其鄰近海區(qū)資源環(huán)境和權益綜合調查研究”等。目前主持、承擔中國科學院先導專項A、國家重點研發(fā)計劃項目、國家科技基礎資源調查專項、國家基金項目等300余項。與40多個國家和地區(qū)建立了學術聯(lián)系與合作，重點發(fā)展與歐、美、日、澳等海洋科學發(fā)達國家的合作與交流，同時加強與“一帶一路”、絲綢之路沿線國家的交流與合作，并在斯里蘭卡與斯方共建中國科學院中國斯里蘭卡聯(lián)合科教中心。

南海海洋所是中科院及全國海洋科研機構首家獲得ISO9001質量體系認證的科研單位，擁有“工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類甲級）”、“測繪資質證書（乙級）”、“檢驗檢測機構資質認定證書（包括檢驗檢測機構計量認證）”等。每年承擔技術服務、技術咨詢或院地合作項目100余項。是中國海洋學會海洋物理分會、廣東海洋湖沼學會、廣東海洋學會等的依托單位。編輯出版《熱帶海洋學報》（核心期刊）。曾獲廣東省“文明單位”和廣州市“文明單位”。