中國科學(xué)院南京地理與湖泊研究所，前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，目前是全國唯一以湖泊-流域系統(tǒng)為主要研究對象的國立綜合研究機(jī)構(gòu)。中國科學(xué)院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔(dān)任過所長。

研究所以湖泊科學(xué)和流域地理學(xué)為特色學(xué)科，瞄準(zhǔn)湖泊-流域?qū)W科國際前沿，針對我國湖泊-流域生態(tài)環(huán)境與可持續(xù)發(fā)展中的重大問題，圍繞湖泊生態(tài)系統(tǒng)演化、湖泊環(huán)境治理、流域地理與可持續(xù)發(fā)展等學(xué)科方向，聚焦湖泊-流域科學(xué)基礎(chǔ)理論、核心技術(shù)、系統(tǒng)治理和綜合管理等科學(xué)問題，開展自然和人文要素驅(qū)動(dòng)下湖泊-流域系統(tǒng)格局、過程、機(jī)理與調(diào)控的基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性研究；發(fā)展湖泊科學(xué)和流域地理學(xué)新理論、新方法和新技術(shù)，引領(lǐng)湖泊-流域?qū)W科發(fā)展，顯著提升解決湖泊-流域生態(tài)環(huán)境及可持續(xù)發(fā)展綜合性、復(fù)雜性和系統(tǒng)性問題的能力，為我國湖泊資源合理利用、湖泊環(huán)境質(zhì)量改善和生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)功能提升、流域綜合管理和區(qū)域協(xié)調(diào)發(fā)展提供重要支撐；構(gòu)建先進(jìn)的湖泊-流域科技創(chuàng)新平臺(tái)，培養(yǎng)造就湖泊-流域科學(xué)領(lǐng)域高層次人才隊(duì)伍，成為國際一流的湖泊科學(xué)和流域地理學(xué)研究中心。

研究所面向?qū)W科前沿和國家需求，長期聚焦“湖泊-流域關(guān)鍵過程與多要素相互作用機(jī)理”，“湖泊-流域系統(tǒng)演變及對人類活動(dòng)的響應(yīng)與綜合管理”兩大基礎(chǔ)科學(xué)問題；圍繞湖泊生態(tài)系統(tǒng)演化、湖泊環(huán)境治理、流域地理與可持續(xù)發(fā)展三大學(xué)科領(lǐng)域，著力發(fā)展“湖泊沉積與環(huán)境演變、湖泊生物與生態(tài)、物理湖泊與水文、湖泊環(huán)境與工程、湖泊-流域過程與調(diào)控、流域資源與生態(tài)環(huán)境、區(qū)域人文經(jīng)濟(jì)地理、遙感與地理信息科學(xué)”八個(gè)研究方向，滿足國家在“湖泊-流域環(huán)境治理與生態(tài)修復(fù)、區(qū)域可持續(xù)發(fā)展規(guī)劃與評(píng)估”兩個(gè)應(yīng)用研究領(lǐng)域的重大需求，奠定研究所在國家科技創(chuàng)新體系中引領(lǐng)湖泊-流域科學(xué)創(chuàng)新發(fā)展的地位。

截至2020年底，研究所共有在職職工269人，博士后18人；在職職工中科技人員201人，管理人員30人，支撐人員27人，包括研究員51人、副研究員及高級(jí)工程技術(shù)人員83人。現(xiàn)有國家高層次科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才2人、國家高層次青年人才1人、國家杰出青年科學(xué)基金獲得者5人、國家優(yōu)秀青年基金獲得者6人、國家海外高層次人才計(jì)劃入選者1人、院海外高層次人才計(jì)劃入選者及候選者10人、江蘇省杰出青年基金項(xiàng)目獲得者3人。