新中國成立后，為了系統(tǒng)研究馬克思列寧主義軍事理論和毛澤東軍事思想，總結古今中外的戰(zhàn)爭經驗，尤其是人民解放軍的建軍和作戰(zhàn)經驗，以及編寫合成軍隊的條令條例，探索現(xiàn)代化條件下武裝力量建設和人民戰(zhàn)爭的規(guī)律，以適應國防現(xiàn)代化建設和未來反侵略戰(zhàn)爭的需要，產生了組建專門軍事科學研究機構的迫切需求。

自1955年起，中央軍委領導多次召開會議，討論成立軍事科學研究的專門機構。1956年9月，葉劍英元帥向中央軍委和毛澤東主席提出建立軍事科學院的建議。1956年12月3日，中央軍委正式發(fā)布關于軍事科學院籌備委員會的決定。1957年4月22日，中央軍委決定以訓練總監(jiān)部軍事科學條令部為基礎組建軍事科學院。

1957年10月24日，國防部發(fā)布命令，正式命名軍事科學院全稱為“中國人民解放軍軍事科學院”。1958年1月25日，國防部批準軍事科學院的組織規(guī)程，規(guī)定軍事科學院直接隸屬中央軍委和國防部領導。

成立初期

1958年3月15日，軍事科學院正式成立，編制為大軍區(qū)級，由葉劍英元帥擔任首任院長兼政治委員。為了加強軍事科學院的建設，黨中央、中央軍委選調了一批功勛卓著的高級將領擔任院領導。其中，包括1955年我軍第一次授銜十位大將中的粟裕、王樹聲兩位大將，57位上將中的宋時輪、王新亭、楊至成、彭紹輝、鐘期光、蕭華、鄧華、劉震等8位上將。這些身經百戰(zhàn)的將帥為軍事科學院的建設打下了堅實的基礎。

軍事科學院建院之初，中央軍委賦予它的職能就是“計劃指導全軍軍事科學研究的機關和全軍軍事學術研究機關”，即一方面計劃指導全軍的軍事科學研究工作，另一方面也從事綜合性的軍事學術研究工作。

1972年10月，重新調整編制，設辦公室、政治部、戰(zhàn)理部、戰(zhàn)術部、戰(zhàn)史部、外軍部。

改革開放

1978年十一屆三中全會后，軍事科學院逐步恢復和發(fā)展，組織編制先后進行了多次調整。2003年，中央軍委明確軍事科學院的職能任務為：“軍事科學院是中央軍委領導下的軍事科學研究機關，是全軍軍事科學研究中心，是計劃和協(xié)調全軍軍事科學研究工作的機構”。

2012年，軍事科學院編制設有科研指導部、政治部、院務部、軍事戰(zhàn)略研究部、作戰(zhàn)理論和條令研究部、軍隊建設研究部、軍事歷史和百科研究部、外國軍事研究部、軍隊政治工作研究中心等單位。[34]同年，軍事科學院被確定為對外開放單位，從而大大促進了軍事科學院積極展開各類國際學術交流活動。這些活動已經成為宣傳國防政策的有力陣地、獲取國外學術信息的有效窗口、拓展科研人員學術視野的重要舞臺。

調整組建

2017年7月19日，新調整組建的軍事科學院成立大會在北京八一大樓舉行。中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平向軍事科學院授軍旗、致訓詞，出席座談會并發(fā)表重要講話。

重新調整組建后，軍事科學院將由八大研究院、一個研究生院、兩個中心共同組成。