中國疾病預防控制中心研究生教育始于1984年，2014年成立研究生院，工作內(nèi)涵包括學位教育、繼續(xù)教育和特色培訓等三個模塊。其中“特色培訓”包括現(xiàn)場流行病學培訓項目（CFETP）等。

中心有基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學等2個一級學科博士學位授權點，免疫學、病原生物學、放射醫(yī)學、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學、勞動衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學、營養(yǎng)與食品衛(wèi)生學、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學、衛(wèi)生毒理學等8個二級學科博士碩士學位授權點，以及公共衛(wèi)生博士專業(yè)學位授權點，其中病原生物學被評為北京市重點學科。