華東理工大學(xué)藥學(xué)院成立于2004年9月，由華東理工大學(xué)與中國科學(xué)院上海藥物研究所合作共建。中國科學(xué)院上海藥物研究所蔣華良院士任首任院長。

學(xué)院下設(shè)藥物科學(xué)系、制藥工程系、藥學(xué)實驗教學(xué)中心、藥物化工所、GMP研究中心等部門，擁有上海市化學(xué)生物學(xué)重點實驗室、上海市新藥設(shè)計重點實驗室、上海市細(xì)胞代謝光遺傳學(xué)技術(shù)前沿科學(xué)研究基地、制藥工程與過程化學(xué)教育部工程研究中心、國家工程教育實踐中心、現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)聯(lián)合學(xué)院等國家或省部級平臺，研究內(nèi)容涵蓋了化學(xué)藥物、生物藥物、天然藥物、農(nóng)藥和制藥工程五個領(lǐng)域。

學(xué)院依托華東理工大學(xué)在化學(xué)工程、制藥工程、生物工程等領(lǐng)域的傳統(tǒng)優(yōu)勢，結(jié)合中國科學(xué)院上海藥物研究所的創(chuàng)新藥物研究實力，理工融合，在教學(xué)科研和學(xué)科建設(shè)中創(chuàng)特色學(xué)科，造精品專業(yè)，辦名牌學(xué)院。學(xué)院以“良藥苦口、忠言逆耳”為院訓(xùn)，積極進(jìn)取、敢為人先、創(chuàng)制良藥。

學(xué)院師資力量雄厚，現(xiàn)有專任教師100名（其中博士后人員15名），正高36名、副高40名、博士生導(dǎo)師46名（其中兼職導(dǎo)師12名）；學(xué)院擁有一批杰出的高層次教學(xué)科研人才，現(xiàn)有包括中國工程院院士在內(nèi)的國家級重點人才15人、省部級人才稱號獲得者40人。

學(xué)院擁有藥學(xué)和植物保護(hù)一級學(xué)科博士點，制藥工程與技術(shù)二級學(xué)科博士點；藥學(xué)、植物保護(hù)一級學(xué)科碩士點以及制藥工程與技術(shù)二級學(xué)科碩士點；其中藥學(xué)為上海高校一流學(xué)科，農(nóng)藥學(xué)為上海市重點學(xué)科。學(xué)院擁有藥學(xué)、植物保護(hù)兩個博士后科研流動站，設(shè)有生物與醫(yī)藥工程博士和工程碩士以及藥學(xué)專業(yè)碩士等專業(yè)學(xué)位點。

學(xué)院擁有制藥工程、藥物制劑、藥學(xué)三個本科專業(yè)。其中制藥工程專業(yè)起源于1953年建校初期設(shè)立的化學(xué)制藥（工學(xué)）專業(yè)，是國內(nèi)最早創(chuàng)辦的同類專業(yè)；2008年1月入選教育部特色專業(yè)；2010年5月入選教育部首批“卓越工程師計劃”試點專業(yè)；2012年入選教育部專業(yè)綜合改革試點，同年獲批與上海醫(yī)藥集團(tuán)共建國家級工程實踐教育中心，并首家通過制藥工程專業(yè)國家工程教育專業(yè)認(rèn)證。已為我國制藥領(lǐng)域培養(yǎng)了大批工程師、企業(yè)家和科學(xué)家。2019年制藥工程專業(yè)和藥學(xué)專業(yè)獲準(zhǔn)進(jìn)入首批國家級一流本科專業(yè)建設(shè)行列。

自建院以來，學(xué)院累計承擔(dān)著國家自然科學(xué)基金、科技部973計劃、863計劃、衛(wèi)生部、總后勤部“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項、國家重點研發(fā)計劃、教育部創(chuàng)新引智工程、國基金重點項目、“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項等國家和省部級科研項目400余項。累計科研經(jīng)費到款約4.5億元。已在Nature子刊、Cell子刊、PNAS,J. Am. Chem. Soc.,Angew. Chem. Int. Ed.,J. Med. Chem.等本領(lǐng)域國際頂級刊物發(fā)表研究論文60余篇，共計申請專利440余項，獲授權(quán)專利217項。已取得以國家科技進(jìn)步二等獎，教育部自然科學(xué)一等獎，上海市自然科學(xué)一等獎為代表的27項獲獎科研成果。在成果轉(zhuǎn)讓方面，近五年來，已有2個農(nóng)藥創(chuàng)制品種獲得農(nóng)藥登記證并成功轉(zhuǎn)化，6項新藥轉(zhuǎn)讓項目合同金額超過1000萬元，其中3項合同金額超過1億元。

學(xué)院充分發(fā)揮海歸人才優(yōu)勢，積極開展國際合作和學(xué)術(shù)交流活動。學(xué)院自成立以來，已與加拿大多倫多大學(xué)藥學(xué)院、德國維爾茨堡大學(xué)藥學(xué)與食品化學(xué)研究所、英國阿爾斯特大學(xué)藥學(xué)院，英國薩里大學(xué)，新西蘭奧克蘭大學(xué)等建立了合作關(guān)系，與英國薩里大學(xué)，阿爾斯特大學(xué)，克蘭菲爾德大學(xué)等建立了3+1學(xué)生交流項目；并與英國牛津大學(xué)，美國康奈爾大學(xué)，英國鄧迪大學(xué)，英國伯明翰大學(xué)，加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)等建立了寒暑期短期交流項目；參與了法國化學(xué)工程師聯(lián)盟FGL3+3項目；先后邀請了美國新墨西哥大學(xué)、英國貝爾法斯特女王大學(xué)、日本京都大學(xué)、韓國明知大學(xué)等校的著名學(xué)者前來上課，并合作培養(yǎng)學(xué)生。負(fù)責(zé)承辦了多次國際學(xué)術(shù)研討會，提高了學(xué)院和學(xué)校的知名度。學(xué)院于2006年11月獲得教育部和國家外國專家局資助，建設(shè)學(xué)科創(chuàng)新引智基地（簡稱“111”計劃），并于2019年順利進(jìn)入升級版，獲得滾動支持，為國際合作和科研創(chuàng)新提供了平臺。