中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海獸醫(yī)研究所位于上海市閔行區(qū)，成立于1964年，其前身為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 家畜血吸蟲病研究室，1982年更名為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海家畜血吸蟲病研究所，1989年更名為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海家畜寄生蟲病硏究所，2002年被列為國家非營利性科研機(jī)構(gòu)，200中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所（哈獸研）位于黑龍江省哈爾濱市，1948年建所，為動物疫病防控全國重點(diǎn)實(shí)驗室和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院獸醫(yī)學(xué)院依托單位，擁有我國唯一的大動物生物安全四級設(shè)施——“國家動物疫病防控高級別生物安全實(shí)驗室”；所轄實(shí)驗室分別被指定為國家禽流感參考實(shí)驗室、國家非洲豬瘟專業(yè)實(shí)驗室、國家馬傳染性貧血參考實(shí)驗室、國家馬鼻疽參考實(shí)驗室、國家牛肺疫參考實(shí)驗室，以及聯(lián)合國糧農(nóng)組織（FAO）動物流感參考中心、世界動物衛(wèi)生組織（WOAH）禽流感參考實(shí)驗室、WOAH馬傳貧參考實(shí)驗室、WOAH雞傳染性法氏囊病參考實(shí)驗室及WOAH亞太區(qū)人獸共患病區(qū)域協(xié)作中心；下轄全資哈爾濱維科生物技術(shù)有限公司和合資控股動物用生物制品國家工程研究中心。

建所以來，先后培養(yǎng)了中國工程院院士1人、中國科學(xué)院院士1人?，F(xiàn)有各類在崗人員700余人，其中高級職稱科技人員190余人，在站博士后40余名、在讀博士和碩士研究生800余名?，F(xiàn)有中國科學(xué)院院士1人，國家級專家1人，其他國家級人才稱號8人。國家自然科學(xué)基金“杰青”獲得者1人，"優(yōu)青" 獲得者3人，黑龍江省“頭雁計劃”入選“頭雁”2人，頭雁團(tuán)隊骨干17人。獲世界杰出女科學(xué)家成就獎1人，全國杰出科技人才獎1人，黑龍江省最高科學(xué)技術(shù)獎1人，中華農(nóng)業(yè)英才獎1人。

建所以來，共獲得國家科技成果獎勵27項，其中主持完成國家技術(shù)發(fā)明一等獎2項，國家科技進(jìn)步一等獎1項，國家自然科學(xué)二等獎2項，國家技術(shù)發(fā)明二等獎3項，國家科技進(jìn)步二等獎4項。歷史上，為我國控制和消滅“牛瘟”、“牛肺疫”和“馬傳貧”以及成功研制豬瘟兔化弱毒疫苗做出了決定性的科技貢獻(xiàn)。近年來，在“禽流感”研究和防控中做出了杰出的科技貢獻(xiàn)，在“非典”溯源、新冠肺炎防治科技攻關(guān)中發(fā)揮了重要作用，在非洲豬瘟防控攻關(guān)中發(fā)揮了主力軍作用，為豬“藍(lán)耳病”、仔豬病毒性腹瀉、畜間布魯氏菌病和雞傳染性支氣管炎等重要動物傳染病和人獸共患病的防控提供了關(guān)鍵的科技支撐。

進(jìn)入新時代的哈獸研，在中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院“創(chuàng)新工程”推動下，立足“四個面向”，瞄準(zhǔn) “兩個一流”，秉承團(tuán)結(jié)、奉獻(xiàn)、求實(shí)、創(chuàng)新的光榮傳統(tǒng)，胸懷“國之大者”，忠誠有效地履行國家戰(zhàn)略科技力量的使命擔(dān)當(dāng)。守正創(chuàng)新，敢為人先，加快構(gòu)建推進(jìn)產(chǎn)、學(xué)、研、用一體化新格局，著力推動高質(zhì)量創(chuàng)新發(fā)展，為保障畜牧產(chǎn)業(yè)安全、公共衛(wèi)生安全和國家生物安全，繼續(xù)發(fā)揮堅強(qiáng)的科技支撐作用，為全面建成社會主義現(xiàn)代化強(qiáng)國貢獻(xiàn)力量。

6年更名為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海獸醫(yī)硏究所，并成立中國動物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心上海分中心。2021年3月，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院委托研究所成立了生物安全研究中心。

以習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想為指導(dǎo)，落實(shí)”四個面向""兩個一流”和"一個整體躍升”的總要求，貫徹"人病獸防、關(guān)口前移、源頭治理”的重要指示，聚焦國家農(nóng)業(yè)生物安全"主責(zé)主業(yè)"，圍 繞"國之大者"抓主抓重，以重大動物疫情、人畜共患病、重大外來病等為對象，開展生物安全公共政策、基礎(chǔ)理論、監(jiān)測預(yù)警、技術(shù)攻關(guān)、產(chǎn)品研發(fā)、集成應(yīng)用等全鏈條研究，為保障國家農(nóng)業(yè)生物安全、 科技自立自強(qiáng)提供戰(zhàn)略支撐。

研究所現(xiàn)有在職職工146名，高級職稱專家77名，碩博導(dǎo)師67人。內(nèi)設(shè)7個行政管理部門和6個研 究室，建立了11個創(chuàng)新科研團(tuán)隊。依托研究所建有國家防治血吸蟲病參考實(shí)驗室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部動物生 物安全風(fēng)險預(yù)警及防控重點(diǎn)實(shí)驗室（北方）等10個科技平臺，編輯出版《中國動物傳染病學(xué)報》。

建所以來，承擔(dān)各類科研項目1000余項。獲得國家省部級獎勵成果68項；獲得國家各類新獸藥證書15項，其中一類新獸藥證書4項；發(fā)表論文2800余篇，其中SCI收錄論文1000余篇；出版專著76部；獲得國家發(fā)明專利129件。

研究所連續(xù)四屆被授予全國血防先進(jìn)集體稱號，獲評第五屆全國文明單位、歷屆上海市文明單位，多次獲評中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院文明單位。