中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所（簡(jiǎn)稱中棉所）于1957年8月在北京成立，1958年3月遷至河南安陽(yáng)。

作為唯一的國(guó)家級(jí)棉花專業(yè)綜合科研機(jī)構(gòu)，中棉所以應(yīng)用研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究為主，組織和主持全國(guó)性的重大棉花科研項(xiàng)目，著重解決棉花生產(chǎn)中的重大科技問(wèn)題，開(kāi)展國(guó)際棉花科技合作與交流，培養(yǎng)棉花科技人才，宣傳推廣科研成果與先進(jìn)的植棉技術(shù)，編輯出版有《棉花學(xué)報(bào)》《中國(guó)棉花》和Journal of Cotton Research專業(yè)期刊。

現(xiàn)有在職職工453人，其中科技人員350人，研究員63人，副研究員80人；中國(guó)工程院院士1人，國(guó)際歐亞科學(xué)院院士1人，國(guó)家自然科學(xué)基金杰出青年基金獲得者1人，國(guó)家高層次人才特殊支持計(jì)劃入選者6人，全國(guó)創(chuàng)新?tīng)?zhēng)先獎(jiǎng)狀獲得者2人，中原學(xué)者4人，中華農(nóng)業(yè)英才獎(jiǎng)獲得者2人，全國(guó)農(nóng)業(yè)科研杰出人才5人；博士生導(dǎo)師29人，碩士生導(dǎo)師82人；博士后流動(dòng)站在站人員24人；在所研究生385人，其中留學(xué)生37人。2013年入選中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程第一批試點(diǎn)研究所，圍繞“四個(gè)面向”指示要求，組建了12支創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。

中棉所擁有棉花生物育種與綜合利用全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和棉花生物育種及產(chǎn)業(yè)技術(shù)國(guó)家工程研究中心等12個(gè)國(guó)家級(jí)科研平臺(tái)，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部植物生態(tài)環(huán)境安全檢驗(yàn)測(cè)試中心（安陽(yáng)）及農(nóng)業(yè)農(nóng)村部棉花品質(zhì)檢驗(yàn)測(cè)試中心等9個(gè)省部級(jí)科研平臺(tái)。

建所至今，幾代中棉所人秉承“艱苦奮斗、甘于奉獻(xiàn)、勤于實(shí)踐、勇于創(chuàng)新”的“中棉所精神”，開(kāi)拓進(jìn)取，砥礪奮進(jìn)，育成棉花品種196個(gè)，小麥品種37個(gè)，玉米品種4個(gè)，中棉所棉花品種種植面積一度占全國(guó)棉花種植面積的50%左右。獲省部級(jí)以上成果獎(jiǎng)勵(lì)114項(xiàng)，其中國(guó)家級(jí)獎(jiǎng)23項(xiàng)，包括一等獎(jiǎng)4項(xiàng)。中棉所先后完成了二倍體雷蒙德氏棉（D基因組）、二倍體亞洲棉（A基因組）以及棉花四倍體（A/D組）全基因組測(cè)序及圖譜繪制工作，在國(guó)際棉花基因組測(cè)序領(lǐng)域占據(jù)領(lǐng)先地位。

1988年至今被中共河南省委、河南省人民政府命名為文明單位，并先后多次獲得中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院院級(jí)文明單位和文明單位標(biāo)兵榮譽(yù)稱號(hào)。