農(nóng)業(yè)農(nóng)村部環(huán)境保護(hù)科研監(jiān)測所成立于1979年，是我國從事農(nóng)業(yè)農(nóng)村環(huán)境保護(hù)科學(xué)研究和監(jiān)測的專業(yè)機(jī)構(gòu)，1997年劃歸中國農(nóng)科院，2002年獲批為非營利性科研機(jī)構(gòu)。研究所始終堅(jiān)持“創(chuàng)新、求是、協(xié)和、篤行”的發(fā)展理念，堅(jiān)持“四個(gè)面向”，建設(shè)“兩個(gè)一流”，重點(diǎn)圍繞農(nóng)田污染防治、農(nóng)業(yè)環(huán)境監(jiān)測與預(yù)警、生態(tài)循環(huán)農(nóng)業(yè)和鄉(xiāng)村生態(tài)環(huán)境治理四大學(xué)科領(lǐng)域的基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性、關(guān)鍵性、應(yīng)急性重大科技問題，努力把研究所建設(shè)成為國際一流、國內(nèi)領(lǐng)先的農(nóng)業(yè)農(nóng)村環(huán)境保護(hù)和監(jiān)測科技創(chuàng)新中心、技術(shù)交流與轉(zhuǎn)化中心和高層次人才培養(yǎng)中心，為我國現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展和鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略實(shí)施提供科技支撐。

建所以來，先后承擔(dān)了國家“863”“973”、國家科技攻關(guān)、國家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目、國家重點(diǎn)研發(fā)專項(xiàng)、國家自然科學(xué)基金、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部公益性行業(yè)科研專項(xiàng)、省部級(jí)科技發(fā)展計(jì)劃項(xiàng)目及自然科學(xué)基金等750余項(xiàng)，取得成果1000余項(xiàng)，其中獲國家和省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)120余項(xiàng)，獲得國家授權(quán)專利380余項(xiàng)。在國內(nèi)外學(xué)術(shù)刊物發(fā)表論文2600余篇，主編或副主編出版著作130余部。

全所正式職工131人，包括正高級(jí)專家28人（其中二級(jí)崗位2人，三級(jí)崗位6人），副高級(jí)專家59人；離退休職工83人；目前共有博士生導(dǎo)師14名，碩士生導(dǎo)師63名。科技人才包括國務(wù)政府特殊津貼專家1人，國家級(jí)人才2人，全國農(nóng)業(yè)科研杰出人才2人，天津市“131”創(chuàng)新型人才團(tuán)隊(duì)2個(gè)，天津市“131”創(chuàng)新型人才培養(yǎng)工程第一層次人選6人，天津市高層次引進(jìn)人才1人，天津市青年拔尖人才2人，天津市創(chuàng)新人才推進(jìn)計(jì)劃青年科技優(yōu)秀人才1人，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)科英才領(lǐng)軍人才2人，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科研英才培育工程院級(jí)入選者1人，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院青年英才1人，所級(jí)人才24人。

全所擁有國家野外科學(xué)觀測站1個(gè)（國家農(nóng)業(yè)環(huán)境大理觀測實(shí)驗(yàn)站）、省部級(jí)野外科學(xué)觀測站及實(shí)驗(yàn)基地3個(gè)（中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院武清轉(zhuǎn)基因生物農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)影響野外科學(xué)觀測試驗(yàn)站、國家農(nóng)業(yè)科學(xué)試驗(yàn)站（湖南湘潭）、國家農(nóng)業(yè)科學(xué)試驗(yàn)站（山東慶云）），省部級(jí)實(shí)驗(yàn)室7個(gè)（農(nóng)業(yè)農(nóng)村部產(chǎn)地環(huán)境污染防控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家農(nóng)業(yè)檢測基準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室（農(nóng)藥殘留）、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全環(huán)境因子控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全環(huán)境因子風(fēng)險(xiǎn)評估實(shí)驗(yàn)室（天津）、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)村廁所與污水治理技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部華北平原農(nóng)業(yè)綠色低碳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、天津市農(nóng)業(yè)環(huán)境與農(nóng)產(chǎn)品安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室），工程中心2個(gè)（天津市農(nóng)田生態(tài)與環(huán)境修復(fù)技術(shù)工程中心、天津市規(guī)模畜禽養(yǎng)殖場環(huán)境污染控制技術(shù)工程中心），部級(jí)質(zhì)檢中心2個(gè)（農(nóng)業(yè)農(nóng)村部環(huán)境質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測試中心（天津）、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部植物生態(tài)環(huán)境監(jiān)督檢驗(yàn)測試中心(天津)），國際合作平臺(tái)6個(gè)（中芬農(nóng)業(yè)環(huán)境技術(shù)聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、中瑞農(nóng)業(yè)和環(huán)境技術(shù)聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、中瑞生物多樣性與生態(tài)農(nóng)業(yè)聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、中蒙農(nóng)業(yè)環(huán)境多源監(jiān)測與時(shí)空演變聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、中英農(nóng)業(yè)環(huán)境污染防治聯(lián)合研究中心、中泰農(nóng)業(yè)環(huán)境固體廢棄物循環(huán)利用聯(lián)合研究中心），國家農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新聯(lián)盟2個(gè)（農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地重金屬污染綜合防控協(xié)同創(chuàng)新聯(lián)盟、鄉(xiāng)村環(huán)境治理科技創(chuàng)新聯(lián)盟），最高人民法院入冊機(jī)構(gòu)1個(gè)（農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境及農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全司法鑒定中心），主辦期刊2個(gè)（《農(nóng)業(yè)環(huán)境科學(xué)學(xué)報(bào)》《農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境學(xué)報(bào)》）。