馬克思主義學院辦學歷史悠久，最早可以追溯至1959年昌吉師范學校建校時開設的政教專業(yè)，2015年10月正式更名為馬克思主義學院。學院師資力量雄厚，現(xiàn)有教師95人，其中教授4人，副教授16人，講師21人；其中博士研究生（含在讀博士）12人，碩士研究生73人。學院聘任客座教授5人、銀齡教師1人、柔性援疆專家人才1人。主要從事馬克思主義發(fā)展史、馬克思主義理論與思想政治教育、中共黨史、邊疆安全與穩(wěn)定等研究，并承擔全校專、本、碩思想政治理論課教育教學任務。近五年，馬克思主義學院已獲得國家社科基金項目3項，省部級項目8項，發(fā)表論文近80篇，其中核心期刊10余篇。學院還定期聘請新疆社會科學院、山東大學等知名高?？蒲性核鶎＜覟榧嫒谓處?，形成了專兼職結合、年齡結構合理、學歷職稱優(yōu)良的師資隊伍。

學院現(xiàn)設有習近平新時代中國特色社會主義思想概論、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、思想道德與法治、馬克思主義基本原理、中國近現(xiàn)代史綱要、形勢與政策、簡明新疆地方史教程、思想政治教育專業(yè)8個教研室，現(xiàn)有思想政治教育1個本科專業(yè)，目前在讀本科生686人，2023年新增碩士研究生學科教學（思政）專業(yè)方向。

學院獲批第二批自治區(qū)黨建工作樣板支部、“雙帶頭人”教師黨支部書記工作室、自治區(qū)級名師工作室，通過抓黨建工作來引領人才培養(yǎng)、學科建設、專業(yè)建設等各項工作的高質量發(fā)展，充分發(fā)揮了馬克思主義理論思想引領作用與社會服務功能。學院還探索構建了以思政課教師為主導，以學生為主體的校內(nèi)校外、課內(nèi)課外、線上線下的大思政立體化育人體系，強化“三全育人”實效，努力為學校建設成為具有區(qū)域特色的新疆一流應用型大學、為促進新疆經(jīng)濟社會文化教育高質量發(fā)展做出貢獻。