北京中醫(yī)藥大學(xué)國學(xué)院于2014年1月成立，是全國高等中醫(yī)藥院校第一家國學(xué)院。

國學(xué)院以傳承、弘揚(yáng)中醫(yī)藥文化與中華優(yōu)秀傳統(tǒng)文化為使命，凸顯與其他國學(xué)院所不同的優(yōu)勢和特色。展現(xiàn)中醫(yī)藥文化魅力提升中醫(yī)藥文化軟實(shí)力，推進(jìn)中華民族優(yōu)秀文化的偉大復(fù)興。

目前國學(xué)院所屬中醫(yī)藥文化學(xué)科、醫(yī)古文與古漢語學(xué)科是國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科，中醫(yī)人文學(xué)學(xué)科是北京市重點(diǎn)學(xué)科。落地在國學(xué)院的省部級基地有：北京中醫(yī)藥文化研究基地（北京市哲學(xué)社會科學(xué)規(guī)劃辦公室）、北京中醫(yī)藥大學(xué)臺灣中醫(yī)藥研究基地（國務(wù)院臺辦）。掛靠在國學(xué)院的校級研究機(jī)構(gòu)有：海峽兩岸中醫(yī)藥交流與合作研究所、易學(xué)與儒釋道醫(yī)學(xué)研究所。

國學(xué)院下設(shè)教研機(jī)構(gòu)有：中醫(yī)文化教研室、醫(yī)古文教研室、國學(xué)經(jīng)典與大學(xué)語文教研室、國學(xué)教育與傳播教研室和美育教研室等。

國學(xué)院立足于以中醫(yī)藥文化為特色的中華優(yōu)秀傳統(tǒng)文化研究，重點(diǎn)開展儒釋道與中醫(yī)學(xué)研究、易學(xué)與中醫(yī)學(xué)研究、中醫(yī)典籍與漢語文化研究、中醫(yī)哲學(xué)與中華文明研究。整合國內(nèi)外專家資源，搭建相關(guān)研究高端平臺，與國內(nèi)外有關(guān)機(jī)構(gòu)協(xié)同創(chuàng)新、合作承擔(dān)重大項(xiàng)目，在中醫(yī)藥文化與中華傳統(tǒng)文化相關(guān)研究領(lǐng)域保持國內(nèi)外領(lǐng)先地位。承擔(dān)全校國學(xué)通識課。加強(qiáng)“中國哲學(xué)”、“中醫(yī)哲學(xué)”、“醫(yī)古文”、“中國傳統(tǒng)文化概論”、“國學(xué)經(jīng)典導(dǎo)讀”等課程的教育教學(xué)，探討各級各類學(xué)生國學(xué)教育模式。

開展中醫(yī)藥文化與中華傳統(tǒng)文化的科普宣傳，擴(kuò)大中醫(yī)藥文化的社會影響力。開設(shè)中醫(yī)國學(xué)講座、論壇，中醫(yī)文化、養(yǎng)生文化、佛醫(yī)、道醫(yī)、儒醫(yī)培訓(xùn)班。探索中醫(yī)文化跨媒體研發(fā)，利用多媒體、新媒體的技術(shù)，宣傳和推廣中醫(yī)藥文化與中華文化。

開展中醫(yī)藥文化與中華傳統(tǒng)文化的國際傳播。積極參與“國家漢辦漢語推廣中醫(yī)文化基地”的建設(shè)，開展國國際中醫(yī)文化與中醫(yī)對外漢語教育。提升中醫(yī)藥文化海外影響力，增強(qiáng)國家文化軟實(shí)力。