北京交通大學有8個博士后流動站、11個一級學科博士點、60個二級學科博士點(17個自設二級學科)、102個碩士點、MBA及工程碩士在職研究生專業(yè)碩士學位授權。北京交通大學非全日制研究生學科面覆蓋了工學、管理學、經濟學、理學、文學、法學、等8個學科門類和33個一級學科。

北京交通大學在職研究生教育取得了快速發(fā)展：學校全日制在校在職研究生的教育管理日趨規(guī)范化、系統(tǒng)化；教學和科研設備能夠充分滿足研究生培養(yǎng)各個環(huán)節(jié)的要求，“211工程”一期建設高質量通過驗收，“211工程”二期建設項目通過初審，現(xiàn)有5個國家級重點學科，15個省部級重點學科，2個教育部重點實驗室，7個其它部市級重點實驗室（工程研究中心）；學校師資水平不斷提高，結構進一步優(yōu)化，中國科學院和中國工程院院士由2000年的3名增加到2004年的7名，國家“長江學者獎勵計劃”特聘教授3人，入選國家百千萬人才工程4人，跨世紀優(yōu)秀人才培養(yǎng)計劃4人，部級青年拔尖人才35人，國家級和部級突出貢獻中青年專家56人，獲國家“杰出青年基金”資助者2人，高?！皟?yōu)秀青年教師獎”5人。專任教師增加到1087人，教授由127人增加到201人，其中教師中具有碩士學位以上的比例提高到80%，教師中具有博士學位的比例由15.4%提高到31%。博士生導師由60人增加至134人，碩士生導師由203人增加至480人，博士生導師中具有博士學位的比例由20%增加至60%。

北京交通大學在職研究生是全國較早開展MBA專業(yè)學位教育的26所高校之一，幾年來，北京交通大學非全日制研究生采取靈活的學制、具有特色的專業(yè)課程模塊、注重英語教學、精選教材、嚴格培養(yǎng)環(huán)節(jié)等措施，努力打造MBA專業(yè)學位的品牌。通過全國教學評估。近幾年北交大在職研究生生源穩(wěn)步增長。北京交通大學報考在職攻讀工商管理碩士學位的人數(shù)以及錄取分數(shù)都在同類院校中名列前茅。

雙一流建設學科：系統(tǒng)科學。