學校于2002年成立甘肅中醫(yī)學院臨床醫(yī)療系，2015年更名為甘肅中醫(yī)學院臨床醫(yī)學院，2020年甘肅中醫(yī)藥大學與甘肅省人民醫(yī)院共建第一臨床醫(yī)學院。學院現(xiàn)設有臨床醫(yī)學（含免費醫(yī)學定向、全科醫(yī)學、杰出醫(yī)生實驗班）、醫(yī)學影像學、醫(yī)學影像技術三個本科專業(yè)。學院為臨床醫(yī)學一級學科碩士學位授權點，并獲批省級重點學科和省級一流本科專業(yè)建設點。學院下設4個職能部門、13個教研室及1個臨床技能實訓中心，形成學校-學院-教研室三級管理及教學運行體系。學院目前擁有任課教師近300名，其中教授41名，副教授75名，博士生導師14名，碩士生導師90名；臨床醫(yī)學在校本科生2000余名，研究生500余名。

學院自成立以來始終堅持“以人才質量求生存、以專業(yè)特色謀發(fā)展”的辦學思路，以能力培養(yǎng)為導向，緊貼社會需求，著力培養(yǎng)綜合素質高、專業(yè)基礎牢固、實踐能力強、具有創(chuàng)新精神和終身學習能力的應用型醫(yī)學人才。至今已為社會培養(yǎng)了一大批適應甘肅及西北醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展需要的臨床醫(yī)學人才。