湖南省中醫(yī)藥研究院前身是創(chuàng)辦于1957年3月的湖南中醫(yī)藥研究所，著名中醫(yī)學家李聰甫任首任所長，后歷經(jīng)幾次更名、與湖南中醫(yī)學院的分合以及所址變遷，1984年省委決定將研究所更名為湖南省中醫(yī)藥研究院， 1985年升格為湖南省人民政府直屬的，計劃、財政單列的廳局級科研事業(yè)單位，國醫(yī)大師劉祖貽任首任院長。

2002年7月，經(jīng)湖南省人民政府批準，湖南省中醫(yī)藥研究院與原湖南中醫(yī)學院（2006年經(jīng)教育部批準已更名為湖南中醫(yī)藥大學）合并，實現(xiàn)優(yōu)勢互補，強強聯(lián)合，并實行“一套班子、兩塊牌子、兩個法人、計劃財政單列”的管理體制和運行模式。

2021年7月，經(jīng)中共湖南省委機構(gòu)編制委員會研究同意確定湖南省中醫(yī)藥研究院為省政府直屬公益一類事業(yè)單位。

2021年9月，湖南省政府將楓林賓館人、財、物整體移交湖南省中醫(yī)藥研究院。

2022年2月，湖南省委、省政府進一步明確了湖南省中醫(yī)藥研究院的單位性質(zhì)、機構(gòu)規(guī)格、隸屬關(guān)系、職能配置、人員編制和干部職數(shù)，同意設置13個內(nèi)設機構(gòu)。

2022年4月12日，湖南省中醫(yī)藥研究院黨委書記、院長葛金文率隊赴湖南中醫(yī)藥大學，舉行工作懇談會。湖南中醫(yī)藥大學黨委書記秦裕輝對湖南省中醫(yī)藥研究院恢復獨立建制及新一屆領(lǐng)導班子到任表示真心祝賀。

2022年12月9日，湖南省藥品監(jiān)督管理局中藥監(jiān)管科學研究中心授牌儀式在湖南省中醫(yī)藥研究院舉行。