中山大學(xué)藥學(xué)院于2002年開始籌建，2003年正式掛牌，是原中山大學(xué)和中山醫(yī)科大學(xué)2001年合并為新中山大學(xué)后成立的第一個學(xué)院。學(xué)院以生命科學(xué)學(xué)院藥學(xué)系為基礎(chǔ)，整合當(dāng)時化學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院、中山醫(yī)學(xué)院相關(guān)藥學(xué)資源，依托中山大學(xué)雄厚的綜合力量組建而成。學(xué)院的總體發(fā)展目標(biāo)是以創(chuàng)新藥物研究為龍頭，建設(shè)具有國內(nèi)先進(jìn)水平、某些領(lǐng)域在國際上有較大影響的科學(xué)研究與高層次人才培養(yǎng)基地。

學(xué)院現(xiàn)為國家藥學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點和博士后科研流動站，擁有“藥理學(xué)”國家二級重點學(xué)科及“藥學(xué)”廣東省一級重點學(xué)科，擁有一支包括中國科學(xué)院院士、國家級人才項目獲得者等在內(nèi)的學(xué)術(shù)思想活躍、開拓進(jìn)取、團(tuán)結(jié)合作、奮發(fā)有為、實力雄厚的師資隊伍。學(xué)院目前擁有抗感染新藥研發(fā)全國重點實驗室、新藥成藥性評估及評價國家地方聯(lián)合工程實驗室、重大疾病新靶點與藥物研究創(chuàng)新引智基地3個國家級平臺基地、12個省部級實驗室和中心，科研場地超過12000平方米。

建院以來，學(xué)院科研項目合同經(jīng)費已突破10億元。共承擔(dān)縱向科研項目1200余項，其中主持國家重大新藥創(chuàng)制專項16項、國家重點研發(fā)計劃項目5項、國家自然科學(xué)基金項目338項。在Nat Catal, Nat Commun, PNAS, Cancer Discov, Gut等國際知名期刊發(fā)表高水平論文2600余篇；獲授權(quán)發(fā)明專利380余項;獲教育部高等學(xué)?？茖W(xué)研究優(yōu)秀成果獎、廣東省科學(xué)技術(shù)獎等獎7項。為地方政府和企業(yè)提供技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)與技術(shù)咨詢等服務(wù)840余項。目前有4個新藥品種完成III期臨床試驗或正處于臨床試驗階段。

建院以來，學(xué)院共培養(yǎng)2600余名本科生、2400余名碩士研究生、750余名博士研究生。畢業(yè)生奔赴祖國各地，為國家建設(shè)做出重要貢獻(xiàn)。

經(jīng)過20年建設(shè)發(fā)展，中山大學(xué)藥學(xué)學(xué)科實力持續(xù)提升，連續(xù)入選教育部第一輪和第二輪“雙一流”建設(shè)學(xué)科名單，在教育部第五輪學(xué)科評估中取得歷史最佳成績。2024年，USnews“藥理學(xué)與毒理學(xué)”排名全球第18位，軟科“藥學(xué)”排名全球第11位，ESI“藥理學(xué)和毒理學(xué)”排名進(jìn)入全球前0.17‰。