植物保護學院前身包括山東大學農學院植物病蟲害學系、山東省立農學院植物病理學和昆蟲學教研室以及齊魯大學農業(yè)?？茖W校的一部分。1952年全國院系調整時，將其合并為山東農學院植物病蟲害學系，1954年更名為植物保護系，2000年12月撤系建院，成立植物保護學院。在幾代教職工的共同努力下，學科建設迅速發(fā)展，在科教興魯、科教興國、脫貧攻堅、鄉(xiāng)村振興事業(yè)中取得了豐碩成果。

學院設有植物病理學系、昆蟲學系、農藥學系、煙草學系、森林保護學系和菌物學系等6個系；現有植物保護（含植物檢疫方向、公費農科生、齊魯學堂）、制藥工程、煙草、森林保護、應用生物科學等5個本科專業(yè)，在校本科生1470人。設有植物保護學博士后科研流動站，擁有植物保護學一級學科博士授權點（含植物病理學、昆蟲學、農藥學等3個研究方向），設有植物保護一級學科碩士授權點（含植物病理學、昆蟲學、農藥學、林草有害生物防控、煙草學等5個研究方向），設有資源利用與植物保護專業(yè)碩士學位授權點，在校研究生432人。植物保護專業(yè)為國家品牌專業(yè)、國家一流本科專業(yè)建設點、山東省特色專業(yè)、卓越農林人才教育培養(yǎng)試點高校拔尖型人才培養(yǎng)專業(yè)。制藥工程（農藥方向）、煙草學為山東省一流本科專業(yè)建設點。獲得山東省高水平應用型專業(yè)建設項目、教育服務新舊動能轉換專業(yè)對接產業(yè)項目等立項，建設經費達5000萬元。植物保護學科為山東省一流學科、山東省高水平學科（優(yōu)勢特色型），建設經費超1億元。學院教師以第一完成人獲山東省第九屆教學成果特等獎1項。

學院現有教工101人，中國工程院院士李玉教授任名譽院長，專任教師76人（98.7%擁有博士學位，35%有國外留學經歷），其中教授26人，副教授34人，包括中國科學院院士1人，國家杰出青年科學基金獲得者1人，國家百千萬人才工程1人，國家大宗蔬菜產業(yè)技術體系崗位科學家1人，教育部新世紀優(yōu)秀人才2人，神農青年英才1人、中國科協(xié)青年人才托舉工程1人，泰山學者特聘教授3人，泰山學者青年專家1人，泰山產業(yè)領軍人才2人，省級教學名師1人，山東省專業(yè)技術拔尖人才3人，山東省有突出貢獻中青年專家2人，山東省現代農業(yè)產業(yè)技術體系創(chuàng)新團隊首席專家2人、副首席專家2人、崗位專家8人、試驗站站長1人。學院現有農業(yè)農村部黃河下游作物有害生物綜合治理重點實驗室（部省共建）、國家植保微生物種質資源庫（山東）、農藥環(huán)境毒理研究中心（農業(yè)農村部認證單位）、山東省農業(yè)微生物重點實驗室、山東省蔬菜病蟲生物學重點實驗室、山東省高等學校植物有害生物綜合治理實驗室、山東省高校農藥毒理與應用技術省級重點實驗室、山東省高等學校黃河流域農林作物病蟲害綜合治理協(xié)同創(chuàng)新中心、山東省煙草病蟲害研究中心、山東省林業(yè)有害生物防控工程技術研究中心等省部級科研平臺10個。本科實驗教學中心擁有實驗室15個，有昆蟲、植病、雜草等標本室、農藥加工實驗室、植保站園、昆蟲繁育試驗場、菌物實訓基地各1個，開展實驗項目205個。實驗中心總面積1766平方米，儀器設備2500余臺套，總值2550多萬元，利用這些條件，圓滿完成了各項教學科研任務。

科研工作取得了長足發(fā)展，主持國家自然科學基金、國家科技支撐計劃、國家糧豐工程、國家“雙減”項目、農業(yè)農村部行業(yè)公益項目、國家重點研發(fā)計劃等國家和省部級科研項目100余項，年均科研經費3000萬元，年均發(fā)表論文約150篇，其中SCI收錄近80篇，授權專利30余項。近年來學院教師以第一完成人獲國家科技進步二等獎1項、山東省科技進步一等獎1項、山東省科技進步二等獎3項，參與獲得國家科技進步二等獎2項，省部級科技進步一等獎7項。學院不斷加強同國內外院校的合作與交流，同瑞典、法國、美國、以色列、英國、日本等國家知名高校和院所建立了長期互訪和合作關系。承辦中國植物病理學會年會、中國菌物學會年會、中國森林保護學術大會等大型學術會議十余次。

學院始終將教學工作擺在突出位置，秉承“學生中心、產出導向、耕讀合一”的教育教學理念，全面落實立德樹人根本任務，堅持以學生發(fā)展為中心，強化理論和實踐教學兩翼同頻共振育人，突出學生創(chuàng)新能力的培養(yǎng)，促進學生綜合素質的不斷提高。加強師資隊伍建設和課程體系改革，加強教材和教學條件的配套建設，提高教學質量,在全校教學工作評估中多次獲得優(yōu)秀，辦學水平和人才培養(yǎng)質量不斷提高，形成了良好的院風學風。加強校地聯(lián)系，多家企業(yè)在學院設立了企業(yè)獎學金和助學金。學生就業(yè)率一直名列學校前茅，連續(xù)多年獲學校招生就業(yè)先進集體。迄今已有8000余名畢業(yè)生分別工作在教學、科研、技術推廣、企業(yè)經營和黨政管理崗位上，有的已成為中國科學院、中國工程院院士、優(yōu)秀企業(yè)家或擔任省、廳級領導職務。四位畢業(yè)生被評為山東農業(yè)大學杰出校友。