閩南文化研究院是在國務(wù)院臺辦、全國臺聯(lián)、臺盟中央和福建省政府及相關(guān)部門的關(guān)心指導(dǎo)下，整合海峽兩岸相關(guān)高校優(yōu)質(zhì)資源，于2012年6月組建的。研究院下設(shè)學(xué)術(shù)委員會分會、辦公室、《閩臺文化研究》編輯部、閩南文獻(xiàn)與海疆文化研究所、閩南方言文化研究所、閩南民間信仰研究所、閩臺家族社會與文化研究所、兩岸一體化趨勢研究所等，是集人才培養(yǎng)、科學(xué)研究、編輯出版、文化交流、社會服務(wù)為一體的綜合性教學(xué)科研單位。研究院現(xiàn)有專、兼職研究人員47人，其中教授22人，副教授13人，具有博士學(xué)位32人。

閩南文化研究院深入貫徹落實習(xí)近平總書記對臺工作重要論述，踐行高等教育“四個服務(wù)”要求，發(fā)揮學(xué)科和專業(yè)優(yōu)勢，堅持人才培養(yǎng)、學(xué)術(shù)研究和文化交流并舉，在增進(jìn)兩岸文化認(rèn)同、服務(wù)兩岸文化交流、推動兩岸關(guān)系和平發(fā)展、促進(jìn)祖國和平統(tǒng)一大業(yè)中發(fā)揮了積極作用。自2012年承擔(dān)服務(wù)國家特殊需求“閩南文化與兩岸交流研究”博士人才培養(yǎng)項目至今，閩南文化與兩岸交流研究”博士人才培養(yǎng)項目已經(jīng)培養(yǎng)閩南文化與兩岸交流專業(yè)博士生75人（其中臺籍博士生26人），創(chuàng)造了大陸高校單一學(xué)科點招收臺籍博士生人數(shù)之最，培養(yǎng)儲備了一批從事閩南文化研究與兩岸交流的高層次人才。

充分發(fā)揮閩南文化資源優(yōu)勢，把閩南文化特色全面融入學(xué)科專業(yè)建設(shè)和人才培養(yǎng)中。設(shè)立“優(yōu)秀閩南文化本科人才培養(yǎng)計劃”改革試點班、“卓越閩南文化人才實驗班”、閩南文化特色二級學(xué)科碩士點，承擔(dān)服務(wù)國家特殊需求的“閩南文化與兩岸交流研究”博士人才培養(yǎng)項目，培養(yǎng)面向國家和地方涉臺部門、機(jī)構(gòu)以及從事兩岸文化交流的專業(yè)人才，構(gòu)建目前國內(nèi)外唯一的從本科到碩士、博士齊備的閩南文化與兩岸交流特色人才培養(yǎng)體系，全鏈條培養(yǎng)服務(wù)國家統(tǒng)一特殊需求的兩岸融合型專業(yè)人才。

充分發(fā)揮地緣和學(xué)緣優(yōu)勢，致力于閩南文化與兩岸交流的學(xué)術(shù)研究與傳承。主辦目前福建省唯一一份全國公開發(fā)行的閩臺文化研究學(xué)術(shù)期刊《閩臺文化研究》，十年來共計刊發(fā)研究文章560余篇，出版7萬余冊；建立教育部兩岸語言文化交流研究中心、福建省社科研究基地閩南文化研究中心等平臺；獲批設(shè)立福建省對臺交流基地、福建省高校中華優(yōu)秀傳統(tǒng)文化基地、閩南師范大學(xué)閩臺傳統(tǒng)戲曲（歌仔戲）傳承基地。

至今有11人次先后獲國家社科基金項目；主持省部級社科基金項目39項；在CSSCI等期刊發(fā)表高水平學(xué)術(shù)論文270余篇；10多項智庫研究成果被收錄，其中兩篇建言獻(xiàn)策獲中央政治局常委批示；出版《臺海文獻(xiàn)匯刊》（60冊）、《閩南涉臺族譜匯編》（100冊）、《臺灣族譜匯編》（80冊）、《臺灣族譜續(xù)編》（20冊）、《臺灣通史》（六卷本）等60多部著作，獲得省部級以上獎勵12項。