安徽中醫(yī)藥大學(xué)醫(yī)藥信息工程學(xué)院成立于2002年。2012年3月安徽省中醫(yī)藥科學(xué)院成立后，其中安徽省計算機中醫(yī)應(yīng)用研究所劃歸學(xué)院。2017年5月，學(xué)校網(wǎng)絡(luò)信息中心整建制并入學(xué)院，合署辦公。2022年5月19日，與科大訊飛共建現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)學(xué)院。2024年3月21日，學(xué)校網(wǎng)絡(luò)信息中心從學(xué)院劃出。

學(xué)院現(xiàn)有職工76人，全日制在校生2320人，碩士研究生25人；黨員221人，其中教職工黨員52人。學(xué)院黨委是學(xué)校首批標準化建設(shè)黨組織，下設(shè)4個教工黨支部（其中教工第一黨支部為安徽省樣板黨支部培育單位）、6個學(xué)生黨支部。學(xué)院專兼職教師70余人，其中教授4人，副教授（含高級實驗師）22人，博士17人（其中在讀5人），碩士學(xué)歷人數(shù)達100%?，F(xiàn)設(shè)有黨政辦、教學(xué)辦公室、科研與學(xué)科辦、學(xué)生工作與就業(yè)辦等科室，分工會、分團委組織健全。設(shè)有醫(yī)學(xué)技術(shù)系、智能醫(yī)學(xué)系、醫(yī)學(xué)工程系，下設(shè)信息管理與信息系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)影像技術(shù)、計算機基礎(chǔ)、醫(yī)學(xué)影像（一附院）、計算機科學(xué)與技術(shù)、數(shù)據(jù)科學(xué)與大數(shù)據(jù)技術(shù)、人工智能、生物醫(yī)學(xué)工程、醫(yī)學(xué)信息工程、數(shù)學(xué)等10個教研室，1個實驗（實訓(xùn)）教學(xué)中心，1個創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實訓(xùn)中心。

學(xué)院是在全國中醫(yī)藥院校中較早開辦中醫(yī)藥與現(xiàn)代信息技術(shù)相結(jié)合的、富有特色的本科專業(yè)的院系?，F(xiàn)有信息管理與信息系統(tǒng)（安徽省一流專業(yè)培育單位，安徽省特色專業(yè)，2019年安徽省專業(yè)綜合評估A-、全省第一方陣）、計算機科學(xué)與技術(shù)（安徽省一流專業(yè)培育單位）、生物醫(yī)學(xué)工程（安徽省一流專業(yè)培育單位，安徽省專業(yè)結(jié)構(gòu)化調(diào)整與專業(yè)改造專業(yè)）、醫(yī)學(xué)信息工程、數(shù)據(jù)科學(xué)與大數(shù)據(jù)技術(shù)、人工智能、醫(yī)學(xué)影像技術(shù)等7個全日制本科專業(yè)?，F(xiàn)有中醫(yī)藥信息學(xué)（國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科）、智能中醫(yī)藥工程（安徽省高峰培育學(xué)科），以及“中醫(yī)藥信息學(xué)”二級學(xué)科碩士點。學(xué)院“3+1”校企合作辦學(xué)模式為增強了學(xué)生實踐動手能力的培養(yǎng)做出了成功的探索。

學(xué)院著力培養(yǎng)具有強烈社會責(zé)任感，具備較好中醫(yī)藥背景知識的醫(yī)藥信息技術(shù)、醫(yī)藥信息管理和醫(yī)藥軟件開發(fā)等能力，富有較強創(chuàng)新精神的跨學(xué)科高級復(fù)合型應(yīng)用人才，創(chuàng)新思路與方法，始終重視和加強學(xué)生能力培養(yǎng)，積極開展第二課堂教學(xué)實踐和豐富多彩的學(xué)生活動，培養(yǎng)了3500名品學(xué)兼優(yōu)、實踐能力過硬的優(yōu)秀畢業(yè)生，畢業(yè)生就業(yè)率持續(xù)保持在95%以上。

面向蓬勃發(fā)展的中醫(yī)藥事業(yè)及健康產(chǎn)業(yè)，面向日新月異的信息技術(shù)、人工智能技術(shù)，面向經(jīng)濟社會對高素質(zhì)人才的需求，學(xué)院將在學(xué)校黨政統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，走“醫(yī)工互融、理實俱進、協(xié)同創(chuàng)新、特色發(fā)展”之路，精力打造優(yōu)質(zhì)師資隊伍，著力培養(yǎng)大學(xué)生創(chuàng)新思維、實踐能力，在實現(xiàn)中華民族偉大復(fù)興“中國夢”中譜寫出“深度結(jié)合、科學(xué)發(fā)展”的新篇章。（2024年4月24日修訂）