中國中醫(yī)科學院中藥研究所始建于1955年，是我國成立最早的一所國家級研究中藥的專門機構(gòu)，是道地藥材品質(zhì)保障與資源持續(xù)利用全國重點實驗室的主要依托單位。自1983年起被確認為世界衛(wèi)生組織傳統(tǒng)醫(yī)學合作中心。我所屠呦呦研究員由于發(fā)現(xiàn)青蒿素，2011年被授予拉斯克臨床醫(yī)學研究獎，2015年獲得諾貝爾生理學或醫(yī)學獎和哈佛大學醫(yī)學院華倫·阿爾波特獎，2016年獲得國家最高科學技術(shù)獎，2019年被授予“共和國勛章”。

中藥研究所經(jīng)過七十年的科學研究實踐，培養(yǎng)造就了一批從事文獻、中藥資源及品種鑒定、化學、分析、炮制、制劑、藥理、毒理和新藥研發(fā)的科技骨干。全所現(xiàn)有職工500余人，設有中藥藥性理論研究中心、本草學研究中心、生藥研究中心、中藥炮制研究中心、中藥制劑研究中心、中藥化學研究中心、分析化學研究中心、中藥藥代動力學研究中心、生物力藥理學研究中心、中藥藥理研究中心、中藥安全評價中心（GLP）、中藥毒理學研究中心、中藥新藥研發(fā)中心、中藥生物技術(shù)研究中心、本草數(shù)智中心、整合中藥學研究中心、霧化吸入制劑研究中心。

掛靠管理單位中國中醫(yī)科學院中藥資源中心、中國中醫(yī)科學院青蒿素研究中心。現(xiàn)有道地藥材品質(zhì)保障與資源持續(xù)利用全國重點實驗室，中藥質(zhì)量控制技術(shù)國家工程實驗室，以及2個北京市重點實驗室，4個國家中醫(yī)藥管理局重點研究室，5個國家中醫(yī)藥管理局三級中醫(yī)藥實驗室，12個國家中醫(yī)藥管理局重點學科等。

擁有一個期刊部，主辦國家級學術(shù)期刊《中國實驗方劑學雜志》、《基層中醫(yī)藥》和《中醫(yī)藥科學（英文）》，承辦國家級學術(shù)期刊《中國中藥雜志》。設有中藥學、中西醫(yī)結(jié)合基礎碩士研究生、博士研究生培養(yǎng)點，是中藥學、中西醫(yī)結(jié)合博士后培養(yǎng)單位。中藥研究所構(gòu)建了中藥理論、中藥產(chǎn)業(yè)關鍵技術(shù)、中藥創(chuàng)新藥物關鍵技術(shù)等完善的中藥基礎和應用基礎研究、中藥新藥研發(fā)的技術(shù)平臺。中藥理論研究重點進行中藥藥性理論、方劑配伍原理、炮制原理等研究。中藥產(chǎn)業(yè)關鍵技術(shù)研究主要圍繞中藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展中的瓶頸問題，重點進行中藥鑒別與質(zhì)量控制、中藥炮制、中藥制藥工程化以及中藥資源的可持續(xù)利用等研究，為中藥產(chǎn)業(yè)現(xiàn)代化提供技術(shù)支撐。中藥創(chuàng)新藥物關鍵技術(shù)研究主要圍繞中藥新藥創(chuàng)制的核心環(huán)節(jié)，重點進行中藥信息與數(shù)據(jù)挖掘、活性篩選與藥效評價、化學提取與分析、中藥制劑、中藥代謝、藥理、毒理及安全性評價等共性關鍵技術(shù)的研究。目前承擔國家自然科學基金重點課題、國家科技支撐計劃課題、國家重大新藥創(chuàng)制專項、國家重點研發(fā)計劃等項目522項。已獲科研成果獎項381項，其中國家級獎項28項；開發(fā)新藥33個，出版中醫(yī)藥著作322部，發(fā)表論文7113篇。

近年來，中藥研究所在高水平論文發(fā)表、成果獲獎、項目經(jīng)費、新藥研發(fā)、企業(yè)服務、人才引進、國際合作、環(huán)境設備升級等方面均取得了長足的發(fā)展。近五年，在國際知名雜志The Lancet，Nature Medicine，Nature Communications，Angewandte Chemie-International Edition，The New England Journal of Medicine，Molecular Plant, Trends in Pharmacological Sciences，Nucleic Acids Res等發(fā)表SCI論文1191篇。一批高水平科研成果獲獎，其中包括國家科技進步一等獎，北京市科學技術(shù)獎一等獎，中國出版政府獎,中國民族醫(yī)藥協(xié)會科學技術(shù)進步獎特等獎、一等獎，中華中醫(yī)藥學會科學技術(shù)一等獎，中國中西醫(yī)結(jié)合學會科學技術(shù)一等獎等，獲獎成果水平明顯提升?？v向課題經(jīng)費創(chuàng)歷史新高，承擔國家各類重大科研項目數(shù)量穩(wěn)步增長。新藥研發(fā)實現(xiàn)跨越式突破，金柴抗病毒膠囊、舒咽片、金草提取物、金草片、雙氫青蒿素片、黃連解毒丸、保心顆粒、檵木顆粒等獲得國家新藥臨床批件。我所全面深度參與抗新冠肺炎中藥新藥--清肺排毒顆粒和化濕敗毒顆粒研制工作。兩個抗疫新藥均已獲批上市。我所榮獲“全國科技系統(tǒng)抗擊新冠肺炎疫情先進集體”稱號。近年來，我所橫向服務合同額和到位經(jīng)費快速增長，科研轉(zhuǎn)化能力大幅加強。從美國、英國、德國、荷蘭、日本等國際知名大學和研究機構(gòu)引進一批具有海外研究背景的優(yōu)秀科技人才，提高了人才隊伍國際化水平，優(yōu)化梯隊結(jié)構(gòu)。

與WHO、美國、奧地利、挪威等80余個國家、地區(qū)和國際組織進行科技項目合作和人才交流。我所作為WHO傳統(tǒng)醫(yī)學合作中心與荷蘭萊頓大學共建“中歐中醫(yī)藥及天然產(chǎn)物研究中心”，與奧地利格拉茲大學共建“中奧合作研究中心”，與澳門大學共建“澳門中醫(yī)藥研發(fā)中心”，與英國利茲大學共建“生物力藥理學合作中心”，與坦桑尼亞桑給巴爾健康研究所共建“中國—桑給巴爾中醫(yī)藥防治傳染?。ǒ懠玻┭芯柯?lián)合實驗室”?，F(xiàn)擁有600兆核磁共振等4.138億元科研儀器和設備。