藥學(xué)院源于1962年成立的南京藥物研究所和1985年成立的南京化工大學(xué)生物科學(xué)與工程系，2008年5月在南京工業(yè)大學(xué)制藥與生命科學(xué)學(xué)院原藥學(xué)系和江蘇省藥物研究所的基礎(chǔ)上組建而成，學(xué)科發(fā)展歷史悠久。

學(xué)院立足于醫(yī)藥強(qiáng)省江蘇，依托國家首批入選“高等學(xué)校創(chuàng)新能力提升計劃（2011計劃）”的“江蘇先進(jìn)生物與化學(xué)制造協(xié)同創(chuàng)新中心”，面向“健康中國”的國家戰(zhàn)略需求，面向醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)重大需求，面向先進(jìn)綠色制藥科技前沿，在生物制藥與生化藥學(xué)、藥物制劑與生物材料、化學(xué)新藥設(shè)計與綠色合成技術(shù)、藥理學(xué)與藥物安全性評價等方面形成了特色和優(yōu)勢。學(xué)科現(xiàn)有國家生化工程技術(shù)研究中心（微生物與生化藥學(xué)方向）、江蘇省工業(yè)生物技術(shù)創(chuàng)新中心、江蘇省藥物安全性評價中心、江蘇省藥物新制劑研究及工程化技術(shù)服務(wù)中心等高水平工程技術(shù)中心和成果轉(zhuǎn)化基地，科技成果轉(zhuǎn)化與產(chǎn)業(yè)化能力突出，致力于醫(yī)工結(jié)合，服務(wù)地方經(jīng)濟(jì)成效顯著，促進(jìn)產(chǎn)業(yè)鏈、創(chuàng)新鏈、人才鏈的深度融合，形成“重點突出、特色發(fā)展、梯度建設(shè)”的藥學(xué)院特色發(fā)展之路。同時與強(qiáng)生、默克、揚子江、恒瑞、先聲等知名藥企具有廣泛的合作關(guān)系，共建了一批研發(fā)中心和中試基地，為藥學(xué)人才培養(yǎng)提供優(yōu)良的教學(xué)科研基地。

學(xué)院落實立德樹人根本任務(wù)，擁有完整的人才培養(yǎng)體系，涵蓋了本科、碩士及博士研究生三個培養(yǎng)層次。現(xiàn)有本科專業(yè)兩個（藥物制劑、藥學(xué)），藥學(xué)一級學(xué)科碩士點（含藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥理學(xué)方向），生物工程一級學(xué)科博士點（制藥工程方向）。藥學(xué)學(xué)科入選“十四五”江蘇省重點學(xué)科，藥物制劑、藥學(xué)兩個本科專業(yè)入選江蘇省一流本科專業(yè)建設(shè)點。學(xué)院現(xiàn)有本科生700余人，博士、碩士研究生200余人，留學(xué)生50余人，先后榮獲江蘇省優(yōu)秀碩士論文、江蘇省優(yōu)秀畢業(yè)設(shè)計（論文）、國際基因工程機(jī)器大賽金獎、“挑戰(zhàn)杯”全國大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品優(yōu)勝獎、全國大學(xué)生生命科學(xué)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽一等獎等。

學(xué)院擁有一支以應(yīng)漢杰院士等為學(xué)科首席顧問、高素質(zhì)的學(xué)術(shù)研究團(tuán)隊和師資隊伍?，F(xiàn)有教職工50余人，教師中95%以上擁有博士學(xué)歷，50%以上有海外留學(xué)背景。集聚了來自美國、日本、韓國、新加坡等海內(nèi)外知名大學(xué)的藥學(xué)或藥學(xué)相關(guān)專業(yè)的優(yōu)秀人才，其中有國家杰青1人、國家藥典委員會委員1人等國家級人才，以及江蘇省“333高層次人才”、江蘇省“六大人才高峰”入選人才、江蘇省“青藍(lán)工程”中青年學(xué)術(shù)帶頭人等多人。

近年來學(xué)院教師主持承擔(dān)國家重點研發(fā)計劃、國家重大新藥創(chuàng)制專項、國家支撐計劃項目等國家級重要科研項目。先后榮獲國家科技發(fā)明二等獎2項、教育部技術(shù)發(fā)明一等獎1項、何梁何利科學(xué)與技術(shù)創(chuàng)新獎1項、全國商業(yè)最高科學(xué)技術(shù)獎1項、中國專利獎優(yōu)秀獎1項、中國石油和化學(xué)工業(yè)聯(lián)合會技術(shù)發(fā)明一等獎3項和其他省部級科技進(jìn)步獎多項。

藥學(xué)院全體師生肩負(fù)新的歷史使命，將進(jìn)一步彰顯藥學(xué)專業(yè)優(yōu)勢和特色，瞄準(zhǔn)國際科技前沿和國家及江蘇省醫(yī)藥發(fā)展的重大需求，結(jié)合醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)、材料等學(xué)科，立足大健康產(chǎn)業(yè)，堅持產(chǎn)學(xué)研協(xié)同創(chuàng)新，加速科技成果轉(zhuǎn)化，奮進(jìn)新時代，邁向新征程，為特色鮮明國內(nèi)一流國際知名創(chuàng)業(yè)型大學(xué)建設(shè)貢獻(xiàn)力量。