藥學(xué)院源于1962年成立的南京藥物研究所和1985年成立的南京化工大學(xué)生物科學(xué)與工程系，2008年5月在南京工業(yè)大學(xué)制藥與生命科學(xué)學(xué)院原藥學(xué)系和江蘇省藥物研究所的基礎(chǔ)上組建而成，學(xué)科發(fā)展歷史悠久。

學(xué)院立足于醫(yī)藥強(qiáng)省江蘇，依托國(guó)家首批入選“高等學(xué)校創(chuàng)新能力提升計(jì)劃（2011計(jì)劃）”的“江蘇先進(jìn)生物與化學(xué)制造協(xié)同創(chuàng)新中心”，面向“健康中國(guó)”的國(guó)家戰(zhàn)略需求，面向醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)重大需求，面向先進(jìn)綠色制藥科技前沿，在生物制藥與生化藥學(xué)、藥物制劑與生物材料、化學(xué)新藥設(shè)計(jì)與綠色合成技術(shù)、藥理學(xué)與藥物安全性評(píng)價(jià)等方面形成了特色和優(yōu)勢(shì)。學(xué)科現(xiàn)有國(guó)家生化工程技術(shù)研究中心（微生物與生化藥學(xué)方向）、江蘇省工業(yè)生物技術(shù)創(chuàng)新中心、江蘇省藥物安全性評(píng)價(jià)中心、江蘇省藥物新制劑研究及工程化技術(shù)服務(wù)中心等高水平工程技術(shù)中心和成果轉(zhuǎn)化基地，科技成果轉(zhuǎn)化與產(chǎn)業(yè)化能力突出，致力于醫(yī)工結(jié)合，服務(wù)地方經(jīng)濟(jì)成效顯著，促進(jìn)產(chǎn)業(yè)鏈、創(chuàng)新鏈、人才鏈的深度融合，形成“重點(diǎn)突出、特色發(fā)展、梯度建設(shè)”的藥學(xué)院特色發(fā)展之路。同時(shí)與強(qiáng)生、默克、揚(yáng)子江、恒瑞、先聲等知名藥企具有廣泛的合作關(guān)系，共建了一批研發(fā)中心和中試基地，為藥學(xué)人才培養(yǎng)提供優(yōu)良的教學(xué)科研基地。

學(xué)院落實(shí)立德樹(shù)人根本任務(wù)，擁有完整的人才培養(yǎng)體系，涵蓋了本科、碩士及博士研究生三個(gè)培養(yǎng)層次。現(xiàn)有本科專業(yè)兩個(gè)（藥物制劑、藥學(xué)），藥學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)（含藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥理學(xué)方向），生物工程一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)（制藥工程方向）。藥學(xué)學(xué)科入選“十四五”江蘇省重點(diǎn)學(xué)科，藥物制劑、藥學(xué)兩個(gè)本科專業(yè)入選江蘇省一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。學(xué)院現(xiàn)有本科生700余人，博士、碩士研究生200余人，留學(xué)生50余人，先后榮獲江蘇省優(yōu)秀碩士論文、江蘇省優(yōu)秀畢業(yè)設(shè)計(jì)（論文）、國(guó)際基因工程機(jī)器大賽金獎(jiǎng)、“挑戰(zhàn)杯”全國(guó)大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品優(yōu)勝獎(jiǎng)、全國(guó)大學(xué)生生命科學(xué)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽一等獎(jiǎng)等。

學(xué)院擁有一支以應(yīng)漢杰院士等為學(xué)科首席顧問(wèn)、高素質(zhì)的學(xué)術(shù)研究團(tuán)隊(duì)和師資隊(duì)伍?，F(xiàn)有教職工50余人，教師中95%以上擁有博士學(xué)歷，50%以上有海外留學(xué)背景。集聚了來(lái)自美國(guó)、日本、韓國(guó)、新加坡等海內(nèi)外知名大學(xué)的藥學(xué)或藥學(xué)相關(guān)專業(yè)的優(yōu)秀人才，其中有國(guó)家杰青1人、國(guó)家藥典委員會(huì)委員1人等國(guó)家級(jí)人才，以及江蘇省“333高層次人才”、江蘇省“六大人才高峰”入選人才、江蘇省“青藍(lán)工程”中青年學(xué)術(shù)帶頭人等多人。

近年來(lái)學(xué)院教師主持承擔(dān)國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家重大新藥創(chuàng)制專項(xiàng)、國(guó)家支撐計(jì)劃項(xiàng)目等國(guó)家級(jí)重要科研項(xiàng)目。先后榮獲國(guó)家科技發(fā)明二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、教育部技術(shù)發(fā)明一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、何梁何利科學(xué)與技術(shù)創(chuàng)新獎(jiǎng)1項(xiàng)、全國(guó)商業(yè)最高科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)1項(xiàng)、中國(guó)專利獎(jiǎng)優(yōu)秀獎(jiǎng)1項(xiàng)、中國(guó)石油和化學(xué)工業(yè)聯(lián)合會(huì)技術(shù)發(fā)明一等獎(jiǎng)3項(xiàng)和其他省部級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)多項(xiàng)。

藥學(xué)院全體師生肩負(fù)新的歷史使命，將進(jìn)一步彰顯藥學(xué)專業(yè)優(yōu)勢(shì)和特色，瞄準(zhǔn)國(guó)際科技前沿和國(guó)家及江蘇省醫(yī)藥發(fā)展的重大需求，結(jié)合醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)、材料等學(xué)科，立足大健康產(chǎn)業(yè)，堅(jiān)持產(chǎn)學(xué)研協(xié)同創(chuàng)新，加速科技成果轉(zhuǎn)化，奮進(jìn)新時(shí)代，邁向新征程，為特色鮮明國(guó)內(nèi)一流國(guó)際知名創(chuàng)業(yè)型大學(xué)建設(shè)貢獻(xiàn)力量。