哈爾濱醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院，在發(fā)展初期，前身設(shè)置有解剖學(xué)系、組織胚胎學(xué)系、生理藥理學(xué)系、病理學(xué)系、微生物學(xué)系、衛(wèi)生學(xué)系、生物化學(xué)學(xué)系、俄文學(xué)系等八個學(xué)系。1954年經(jīng)中華人民共和國衛(wèi)生部批準(zhǔn)成立基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部。1992年，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部改建制成立哈爾濱醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)院。

學(xué)院現(xiàn)有一級學(xué)科博士點(diǎn)2個、二級學(xué)科博士點(diǎn)11個、二級學(xué)科碩士點(diǎn)12個、5個自主設(shè)置二級學(xué)科博士點(diǎn)；博士后流動站2個。省級重點(diǎn)學(xué)科10個，省級雙一流建設(shè)學(xué)科（生物學(xué)）1個。教育部重點(diǎn)實(shí)驗室（中國遺傳資源保護(hù)與疾病防控重點(diǎn)實(shí)驗室）1個，省級重點(diǎn)實(shí)驗室3個，省普通高校重點(diǎn)實(shí)驗室3個，省工程技術(shù)中心1個。教育部一流本科“雙萬計劃”專業(yè)（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)）1個，省級重點(diǎn)專業(yè)（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)）1個。教研室15個，實(shí)驗教學(xué)中心5個，國家實(shí)驗教學(xué)示范中心及虛擬實(shí)驗教學(xué)示范中心各1個。國家地方聯(lián)合工程中心1個，中俄結(jié)核病聯(lián)合研究中心1個，中俄感染與免疫研究所1個，伍連德研究所和黑龍江省基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所設(shè)在學(xué)院。

學(xué)院在崗教職工343人，教師275人（醫(yī)學(xué)專業(yè)255人），其中，教授78人，副教授103人；具有博士學(xué)位教師占80%（醫(yī)學(xué)學(xué)科博士學(xué)位教師215人占84.31%），具有碩士學(xué)位教師占16%；45歲以下教師193人占70.18%。在崗博士生導(dǎo)師25名、碩士生導(dǎo)師63名?，F(xiàn)有中國工程院院士1名，教育部長江學(xué)者特聘教授1名，柔性引進(jìn)長江學(xué)者1名，國家杰出青年基金獲得者1名，中組部國家高層次人才特殊支持計劃領(lǐng)軍人才2名。國家級教學(xué)名師1名，全國優(yōu)秀教師1名，國務(wù)院政府特殊津貼專家4名，省級教學(xué)名師4名，省級優(yōu)秀教師7名，省“三育人”先進(jìn)個人2名，龍江學(xué)者特聘教授6名，國家衛(wèi)計委中青年專家3名，省杰出青年基金獲得者5名，省級優(yōu)秀中青年專家3名，省衛(wèi)生系統(tǒng)突出貢獻(xiàn)專家5名，引進(jìn)長江學(xué)者1名?，F(xiàn)有國家級優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊1個，國家級科技創(chuàng)新團(tuán)隊1個，省級優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊2個，省“雙一流”建設(shè)學(xué)科1個，省級優(yōu)秀研究生導(dǎo)師團(tuán)隊2個，省科技創(chuàng)新團(tuán)隊2個，省高等學(xué)校優(yōu)秀科研創(chuàng)新團(tuán)隊3個，省領(lǐng)軍人才梯隊8個，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)跨學(xué)科團(tuán)隊2個。國家級資質(zhì)司法鑒定中心1個。