南京大學計算機學科起源于歷史悠久的南京大學數(shù)學系，1956年開始計算機教學與研究工作，1958年成立計算技術(shù)專業(yè)，1978年在計算技術(shù)、計算數(shù)學、數(shù)理邏輯等專業(yè)基礎(chǔ)上成立南京大學計算機科學系，1993年更名為南京大學計算機科學與技術(shù)系。半個多世紀以來，幾代南大計算機人秉承優(yōu)良傳統(tǒng)，不斷開拓創(chuàng)新，在學科建設(shè)、人才培養(yǎng)、科學研究、國際交流等方面都取得了顯著的成就。

在以中國計算機學會終身成就獎獲得者徐家福教授、中國科學院院士孫鐘秀教授為代表的老一輩學術(shù)帶頭人和系黨政領(lǐng)導班子的帶領(lǐng)下，南京大學計算機學科在歷史上取得了輝煌的成就。例如，在上世紀60年代調(diào)試成功了當時國家高等教育部所屬高校第一臺計算機，實現(xiàn)了我國第一個高級語言編譯系統(tǒng)；70年代分別主持了國產(chǎn)DJS-210中型計算機、XCY通用系統(tǒng)程序設(shè)計語言、XT-1操作系統(tǒng)等軟件系統(tǒng)的研制；80年代研發(fā)了國內(nèi)第一個分布式系統(tǒng)ZCZ、國內(nèi)第一個軟硬件結(jié)合的并行推理系統(tǒng)NDPIS等。1981年建立了國內(nèi)最早的“計算機軟件與理論”博士授權(quán)點，在這里培養(yǎng)出中國大陸第一位計算機軟件博士，1987年被批準設(shè)立“計算機科學與技術(shù)”博士后流動站，1988年“計算機軟件與理論”首批入選國家重點學科，1992年“計算機應(yīng)用技術(shù)”獲批博士授權(quán)點，1998年獲批建立“計算機科學與技術(shù)”一級學科博士學位授權(quán)點。計算機軟件新技術(shù)國家重點實驗室于1986年通過專家論證并于1990年建成開放。為進一步發(fā)展奠定了堅實的基礎(chǔ)。

進入新世紀以來，在以中國科學院院士呂建教授和歐洲科學院外籍院士周志華教授為代表的新一代學術(shù)帶頭人和系黨政領(lǐng)導班子的帶領(lǐng)下，南京大學的計算機學科建設(shè)進入快速發(fā)展期。2002年，“計算機軟件與理論”再次被評為國家重點學科，“計算機應(yīng)用技術(shù)”入選江蘇省重點學科，兩個二級學科聯(lián)合的“計算機軟件與應(yīng)用”成為江蘇省所有學科評選出的11個“重中之中”學科之一。2007年，“計算機應(yīng)用技術(shù)”入選國家重點學科，“計算機科學與技術(shù)”首批成為國家一級重點學科。2011年獲批“軟件工程”學科一級博士授權(quán)點，2012年入選江蘇省“軟件工程”一級重點學科；2015年獲批“網(wǎng)絡(luò)空間安全”一級博士授權(quán)點，2016年入選江蘇省“網(wǎng)絡(luò)空間安全”一級重點學科。“計算機科學與技術(shù)”2018年入選國家“雙一流”建設(shè)學科。“計算機科學與技術(shù)”和“軟件工程”兩個一級學科在第四次全國一級學科評估中均獲評A類學科，是江蘇省同類學科中僅有的兩個A類學科，并在第五輪學科評估中分獲優(yōu)異與優(yōu)秀成績。計算機軟件新技術(shù)國家重點實驗室在2007、2012、2017年連續(xù)3次獲評“優(yōu)秀”類國家重點實驗室、全國計算機領(lǐng)域第一名。