1955年，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部 (基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身) 成立之初，余?、潘孺蓀、童致棱、張鴻德、范承杰、馮固、鄧裕蘭、謝大任、葛懷誠、沈鼎鴻、陳邦憲、丁霆、馮固、張惠珠、章德馨、余新恩、吳云瑞等20余位知名教授和一批熱愛教學(xué)事業(yè)的教師和技術(shù)員一起艱苦創(chuàng)業(yè)，在很短時(shí)間內(nèi)建立了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)各個(gè)教研室，編寫了各種實(shí)用的教材，開設(shè)了各種教學(xué)實(shí)驗(yàn)室，使基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)很快走上規(guī)道。

上世紀(jì)60年代初，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部除了繼續(xù)搞好教學(xué)外，大力開展科學(xué)研究工作，動(dòng)員青年教師投考研究生，同時(shí)在校內(nèi)組織教師開展研究工作，還將西院新建的大樓命名為科研樓（即現(xiàn)在的三號(hào)樓）。廣大中青年教師通過“在實(shí)踐中培養(yǎng)、在完成任務(wù)中成長(zhǎng)”，受到了鍛煉、得到了培養(yǎng)。但隨著文化大革命開始，學(xué)校停課、科研工作受到干擾、校園成為階級(jí)斗爭(zhēng)的戰(zhàn)場(chǎng)。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部的教學(xué)、科研和學(xué)科建設(shè)受到嚴(yán)重影響，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的發(fā)展受到嚴(yán)重被壞。在如此困難的環(huán)境下，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部廣大教工還是克服種種困難，自1970年起完成了六屆工農(nóng)兵學(xué)員的教學(xué)任務(wù)。

文革結(jié)束后，在王振義、陸德源、金正均、史奎雄、史秉璋、郭壽延、陳澤乃、陳仁彪、謝文英、吳晉寶、夏宗勤等一批老教授的帶領(lǐng)下，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部各教研室很快恢復(fù)了生氣。王一飛、湯雪明、陳詩書、徐有秋、馬寶麗、周光炎、徐也魯、錢宗立等一批中青年教師被送到國外學(xué)習(xí)和工作，他們回國后又給基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的發(fā)展帶來了新的動(dòng)力。在他們的帶動(dòng)和全體教工的努力下，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的教學(xué)、科研和學(xué)科建設(shè)順利發(fā)展。八十年代中期，第一批出國的中青年教師先后回國，成為每個(gè)教研室的領(lǐng)導(dǎo)或主要骨干，并且都在籌劃和開展科學(xué)研究工作，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部出現(xiàn)了前所未有的良好局面。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部高度重視前沿學(xué)科的建設(shè)，制定了優(yōu)先發(fā)展細(xì)胞生物學(xué)、分子生物學(xué)、免疫學(xué)等前沿學(xué)科的發(fā)展策略，建設(shè)重點(diǎn)學(xué)科，通過學(xué)科群建設(shè)以點(diǎn)帶面發(fā)展基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)，使基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)各學(xué)科深入到細(xì)胞、分子水平，把前沿學(xué)科與臨床學(xué)科進(jìn)行交義，形成二醫(yī)大特有的學(xué)科優(yōu)勢(shì)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部從此走上了迅速發(fā)展的道路。

1989年5月，在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部的基礎(chǔ)上成立了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院，此后的十多年中，隨著經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，國家和上海市投入迅速增長(zhǎng)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院進(jìn)入了教學(xué)和科研并重的發(fā)展期。在教學(xué)上，建立了面對(duì)多學(xué)制、多專業(yè)的一套穩(wěn)定的教學(xué)體制，開始探索減輕醫(yī)學(xué)生課程壓力、提高教學(xué)質(zhì)量的教學(xué)改革；在科研上，呈現(xiàn)了各學(xué)科高度重視研究工作、研究項(xiàng)目和研究成果迅速上升的局面；重點(diǎn)學(xué)科、重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)以及211工程的建設(shè)使基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院教學(xué)和科研條件得到了巨大的改善；在人才建設(shè)上，配合學(xué)科建設(shè)的需要，優(yōu)化教師隊(duì)伍以適應(yīng)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)發(fā)展，提高了工作效率，優(yōu)秀人才的引進(jìn)和培養(yǎng)使基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院教師隊(duì)伍有了更強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)力，為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院在二十一世紀(jì)的騰飛打下了基礎(chǔ)。

2005年，上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)強(qiáng)強(qiáng)合并，給基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院帶來新的機(jī)遇和更大的發(fā)展空間，在陳國強(qiáng)、陸陽、陳紅專、徐天樂等教授和一批新一代學(xué)科帶頭人帶領(lǐng)下，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院正以嶄新的面貌向更高的目標(biāo)前進(jìn)。在上海交大985項(xiàng)目支持下建立了醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院，統(tǒng)一協(xié)調(diào)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院各研究所和重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的研究工作，建立各種配套的技術(shù)平臺(tái)，引進(jìn)和培養(yǎng)優(yōu)秀人才，組織多層次學(xué)術(shù)活動(dòng)營(yíng)造良好的學(xué)術(shù)氛圍，使基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的科研工作進(jìn)一步提高層次、向更高水平發(fā)展，出現(xiàn)了新的飛躍?；仡櫚雮€(gè)多世紀(jì)的發(fā)展歷程，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院既經(jīng)歷了滄桑歲月，更有著輝煌的成就，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院發(fā)展到今天，凝聚著幾代人的不懈努力?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院的明天將會(huì)更加輝煌、更加美好。

回顧半個(gè)多世紀(jì)的發(fā)展歷程，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院既經(jīng)歷了滄桑歲月，更有著輝煌的成就，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院發(fā)展到今天，凝聚著幾代人的不懈努力?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院的明天將會(huì)更加輝煌、更加美好。