上海交通大學(xué)藥學(xué)院成立于2000年2月26日。建院以來，藥學(xué)院始終以追求卓越的信念，建設(shè)世界一流學(xué)科和一流藥學(xué)院為奮斗目標，踐行價值引領(lǐng)、知識探究、能力建設(shè)、人格養(yǎng)成“四位一體”人才培養(yǎng)理念；以本科教育為立院之本，以研究生教育和科研為強院之路，充分發(fā)揮學(xué)科齊全、研究力量雄厚的優(yōu)勢，堅持教學(xué)和科研并重，培養(yǎng)綜合素質(zhì)高、專業(yè)知識面寬、業(yè)務(wù)能力強、具有競爭力的研究型和創(chuàng)新型藥學(xué)領(lǐng)域人才。

二十年來，藥學(xué)院以高瞻遠矚的全球視野和海納百川的寬闊胸懷，集聚了一批以歐、美、日留學(xué)歸國人員為骨干的，充滿活力、自信自強、銳意進取、富有創(chuàng)新的藥學(xué)精英，包含有國家特聘專家、國家杰青及四青入選者等杰出人才。

經(jīng)過第一輪雙一流學(xué)科建設(shè)，藥學(xué)院已經(jīng)構(gòu)建了完整的藥學(xué)研究體系，在多個領(lǐng)域取得了顯著成績。目前，藥學(xué)院擁有藥學(xué)一級學(xué)科博士點、博士后流動站；藥學(xué)、中藥學(xué)一級學(xué)科碩士點；藥學(xué)、制藥工程專業(yè)碩士學(xué)位點，藥學(xué)、臨床藥學(xué)本科學(xué)位點；其中，藥學(xué)一級學(xué)科包含藥劑學(xué)、藥理學(xué)、藥物化學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、生藥學(xué)、臨床藥學(xué)、藥事管理等8個二級學(xué)科。學(xué)院擁有藥物化學(xué)生物系、藥劑學(xué)系、生藥學(xué)及天然藥物系、藥物分析系、臨床藥學(xué)系、藥理與毒理學(xué)系、生物技術(shù)與微生物系、藥物設(shè)計生物學(xué)系。在教育部第四輪學(xué)科評估中，藥學(xué)學(xué)科進入A類學(xué)科，2017年起進入國家“雙一流”建設(shè)學(xué)科。目前，藥理學(xué)和毒理學(xué)專業(yè)在US NEWS世界大學(xué)專業(yè)排名中位于第18位，QS學(xué)科排名第62名，ESI全球高校學(xué)科排名進入前1‰。

藥學(xué)院擁有創(chuàng)新免疫治療全國重點實驗室、細胞工程及抗體藥物教育部工程研究中心、上海市藥物靶標發(fā)現(xiàn)及遞送前沿科學(xué)研究基地、上海市手性藥物分子工程重點實驗室、國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室等國家和省部級平臺基地，承擔(dān)了國家重大科學(xué)研究計劃、“973計劃”、國家“重大新藥創(chuàng)制”重大專項、“863計劃”等眾多國家及省部級重大重點項目、國內(nèi)外橫向合作項目。近年來，授權(quán)發(fā)明專利百余項，在Science，PNAS, Sci Adv, Nat Comm, J Exp Med等國際知名期刊發(fā)表數(shù)百篇有影響的學(xué)術(shù)論文，多項成果實現(xiàn)轉(zhuǎn)讓。

藥學(xué)院高度重視人才培養(yǎng)工作，始終堅持育人為本，近幾年本碩博畢業(yè)生就業(yè)率均為100%，70%以上本科畢業(yè)生赴國內(nèi)外高水平高?；蚩蒲袡C構(gòu)深造，90%以上的碩士畢業(yè)生在藥學(xué)相關(guān)的行業(yè)領(lǐng)域就業(yè)，一大批博士畢業(yè)生選擇在國內(nèi)外高水平高?；蚩蒲袡C構(gòu)開展博士后研究或擔(dān)任教職。近年來，藥學(xué)院本科生黨支部、碩士生第二黨支部先后入選“全國黨建工作樣板支部”培育創(chuàng)建單位，藥學(xué)院學(xué)子榮獲“挑戰(zhàn)杯”全國大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品競賽特等獎、二等獎以及擂主賽“擂主”，在“創(chuàng)青春”“互聯(lián)網(wǎng)+”等重要賽事上均取得優(yōu)異成績。