財(cái)政稅務(wù)學(xué)院的前身是財(cái)政金融系，是建校之初建制的四大專業(yè)系之一，財(cái)政稅務(wù)學(xué)院由內(nèi)蒙古財(cái)經(jīng)大學(xué)長(zhǎng)期承擔(dān)財(cái)稅理論教學(xué)和科研任務(wù)的相關(guān)系整合組建的，1979年恢復(fù)本科招生后，內(nèi)蒙古財(cái)經(jīng)大學(xué)財(cái)政學(xué)科建設(shè)進(jìn)入上臺(tái)階式的持續(xù)發(fā)展階段。1982年學(xué)校財(cái)政學(xué)學(xué)術(shù)隊(duì)伍迅速擴(kuò)大。2000年10月內(nèi)蒙古財(cái)經(jīng)學(xué)院與原內(nèi)蒙古經(jīng)濟(jì)管理干部學(xué)院合并組建新的內(nèi)蒙古財(cái)經(jīng)學(xué)院，將原來分散在兩校的財(cái)政稅務(wù)系和經(jīng)濟(jì)管理系的相關(guān)專業(yè)教師進(jìn)行組合，組建成新的財(cái)政稅務(wù)系，并為學(xué)校50多個(gè)經(jīng)濟(jì)管理類專業(yè)人才培養(yǎng)提供相關(guān)專業(yè)主干課和選修課的教學(xué)工作，從事財(cái)稅理論和政策研究工作。

2006年獲批財(cái)政學(xué)點(diǎn)碩士學(xué)位授予權(quán)，2010年學(xué)校獲得“理論經(jīng)濟(jì)學(xué)”、“應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)”和“工商管理”一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，為財(cái)稅理論人才培養(yǎng)提供了更寬闊的平臺(tái)。為籌建更名內(nèi)蒙古財(cái)經(jīng)大學(xué)，2007年財(cái)政稅務(wù)系更名為財(cái)政稅務(wù)學(xué)院，財(cái)政稅務(wù)學(xué)院經(jīng)歷了上臺(tái)階發(fā)展階段。