內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古學(xué)學(xué)院組建于2001年11月，是由過去的蒙古語言文學(xué)系、蒙古語言文學(xué)研究所、蒙古史研究所(宗教研究所)等三個單位合并組成的。

蒙古語言文學(xué)系：內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古語言文學(xué)系，是黨和政府在我國少數(shù)民族地區(qū)成立最早的少數(shù)民族語言文學(xué)系之一。蒙古語言文學(xué)系始建于1952 年，原名蒙古語言文學(xué)科，1958年改稱為“蒙古語言文學(xué)系”，1959 年由?？粕秊楸究疲?978年開始招收研究生。1981年，中國少數(shù)民族語言文學(xué)學(xué)科首批獲得碩士學(xué)位授予權(quán)，1986年，蒙古語言文學(xué)學(xué)科被確定為內(nèi)蒙古自治區(qū)重點學(xué)科，2000年8月，原內(nèi)蒙古教育學(xué)院蒙古語言文學(xué)系并入內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古語言文學(xué)系。2005年，蒙古語言文學(xué)專業(yè)被確定為內(nèi)蒙古自治區(qū)品牌專業(yè)。2018年，蒙古語言文學(xué)學(xué)科同中國語言文學(xué)學(xué)科獲得博士學(xué)位授予權(quán)。

蒙古語言文學(xué)研究所：內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古語言文學(xué)研究所前身為“蒙古語言文學(xué)歷史研究室”，是學(xué)校成立最早的專職科研機構(gòu)。1983年升格為處級研究所，2001年并入蒙古學(xué)學(xué)院。

蒙古史研究所（宗教研究所）：內(nèi)蒙古師范大學(xué) “蒙古史研究所”成立于1986年。1999年經(jīng)學(xué)校批準(zhǔn)，于原蒙古史研究所基礎(chǔ)上，增設(shè)宗教研究所，系一個單位，兩塊牌子。2001年12月合并于蒙古學(xué)學(xué)院。2010年并入內(nèi)蒙古師范大學(xué)旅游學(xué)院。

2016年，內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古學(xué)國際研究中心并入蒙古學(xué)學(xué)院，并成立內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古學(xué)研究院。蒙古學(xué)研究院與蒙古學(xué)學(xué)院一個單位，兩塊牌子。2018年，中國少數(shù)民族文學(xué)館和中國少數(shù)民族作家研究中心并入蒙古學(xué)學(xué)院（蒙古學(xué)研究院）。

蒙古學(xué)國際研究中心：內(nèi)蒙古師范大學(xué)蒙古學(xué)國際研究中心前身為1998年成立的蒙古學(xué)研究中心。2009年在蒙古學(xué)研究中心的基礎(chǔ)上，經(jīng)整合校內(nèi)17個相關(guān)研究所，并增設(shè)跨地區(qū)、跨國度的2個研究所而構(gòu)成蒙古學(xué)國際研究中心。嗣后，于2011年升格為處級建制。1998年成立的蒙古學(xué)研究中心的前身為1989年成立的蒙古學(xué)研究會。

中國少數(shù)民族作家研究中心：內(nèi)蒙古師范大學(xué)中國少數(shù)民族作家研究中心建立于2004年。

中國少數(shù)民族文學(xué)館：內(nèi)蒙古師范大學(xué)中國少數(shù)民族文學(xué)館建館于2009年，是處級建制，建館后與中國少數(shù)民族作家研究中心一個單位，兩塊牌子。